Exercí el seu mestratge al Collège de France (des del 1895, i el 1907 hi ocupà la vacant de Paul Meyer) i a l’École Pratique des Hautes Études (1917). Codirector de la revista Bulletin Hispanique (que fundà en 1898-99 amb G. Cirlot, E. Merimée, P. Paris i G. Radet), les seves investigacions contribuïren notablement al coneixement de la història i les literatures hispàniques. Publicà diversos estudis històrics, camp en el qual destaquen els tres volums dels seus Études sur l’Espagne (1888, 1890, 1895, 1904, 1906, 1925) i les Lettres d’Espagne, dedicades a Cánovas del Castillo (1885) i Emilio Castelar (1886), en què analitza la situació política del país. És notable el seu Catalogue des manuscrits espagnols et manuscrits portugais (1892) de la Bibliothèque Nationale de París i l’edició de documents que són el fruit de les seves recerques arxivístiques, com ara la Relación del viaje hecho por Felipe II, en 1585, á Zaragoza, Barcelona y Valencia, escrito por Enrique Cock (1876, en col·laboració amb A. Rodríguez Villa), L’Espagne au XVIe et XVIIe siècle: documents historiques et littéraires (1878) i Libro de las fechas y conquistas del principado de la Morea, compilado por comandamiento de Fray Johan Fernández de Heredia, maestro del Hospital de S. Johan de Jerusalem (1885). Dedicà la seva atenció a la literatura castellana del s. XIV al s. XVIII amb estudis i edicions dels autors més representatius, com ara Diego Hurtado de Mendoza (1875), Clemente Sánchez (1878), Calderón de la Barca (1881), Jovellanos (1899), Cervantes (1900), Fray Luis de León (1901), Lope de Vega (1905), santa Teresa de Jesús (1907) i Baltasar Gracián (1910), i també amb treballs més generals, com La comédie espagnole du XVIIe siècle (1885) i Le théâtre espagnol (1900, en col·laboració amb L. Rouanet). Traduí al francès La vie de Lazarillo de Tormès (1886). Quant a la cultura catalana, és autor d’articles diversos que es poden circumscriure també en l’àmbit de la història i de la literatura. En el primer camp, són remarcables la Noticia sobre la colección de documentos relativos a la historia de Cataluña recogidos por G. Pujades conocidos con el nombre de “Flosculi” (1880) i les Notes et documents pour servir à l’histoire des juifs des Baléars sous la domination aragonaise du XIIIe au XVe siècle (1882). En el segon àmbit, a banda de les pàgines dedicades a Ramon Llull (1877, 1879, 1882), a les cròniques de Desclot (1881) i de Sant Joan de la Penya (1893) o a Gregori Maians i Siscar (1915), sobresurten els seus articles “Das Katalanische” i “Katalanische Litteratur”, publicats en el Grundiss der Romanischen Philologie de Gröber (1888, 1893); les seves Mélanges de littérature catalane: I. L’amant, la femme et le confesseur, conte en vers du XIVe siècle (1881); II. Le livre des trois choses (1883); III. Le livre de courtoisie (1886) i els dos Rapport adressé à M. le Ministre de l’Instruction publique sur une mission philologique à Majorque (1882; trad. castellana 1883) i Rapport adressé à M. le Ministre de l’Instruction publique sur une mission philologique à Valence (1884), el darrer dels quals és la primera contribució de pes a l’estudi de l’Espill de Jaume Roig.
- HIRSCHAUER, C.: “Bibliographie des travaux de M. Alfred Morel-Fatio”, Bulletin Hispanique, XXVII, 1925, p. 289-335; XXIX, 1927, p. 99-109.
- SÁNCHEZ REYES, E.: Epistolario de Morel-Fatio y Menéndez Pelayo, CSIC-Sociedad de Menéndez Pelayo, Santander 1953.