El conjunt de les dues parts està compost per 20 llibres, que historien des de “La entrada de los moros en España” (títol del primer capítol) fins a “La entrada del rey y de la reina en la ciudad de Granada” (títol del darrer). Nomenat cronista oficial del Regne d’Aragó el 1548, es dedicà a investigar en els arxius de la Corona, en especial a Barcelona i Saragossa, i deu anys després enllestí la primera part. El breu preàmbul constitueix una declaració de principis i una reflexió sobre la disciplina històrica: hi manifesta la seva coneguda aversió als relats fantasiosos sobre els temps més remots i diu que, per aquest motiu, descarta tractar dels “contes” sobre els reis Gargoris i Habidis, la vinguda d’Hèrcules a Hispània i altres episodis, malgrat que la historiografia de l’època atorgava una gran importància al relat dels orígens i la fundació dels regnes. La seva exigència per fonamentar-se documentalment el portà a incloure prudents advertències (com ara «según algunos afirman» o «no quiero resultar yo transmisor de una cosa incierta y vana») en tractar de determinats passatges. La disponibilitat de documentació explica que, en conjunt, la seva exposició adquireixi major fermesa a partir del regnat de Peronella i que sigui ja rigorosa i rica a partir de la conquesta de Mallorca per Jaume I. A més de registres de cancelleria i altres documents consultats en les seves visites als arxius, utilitzà també nombroses cròniques: les de Muntaner, Pere III, Nicèfor Gregoràs, Lorenzo Valla, Enea Silvio Piccolomini, Giovanni Pontano, el canceller Pedro López de Ayala, Gonzalo García de Santa María, Enríquez del Castillo, Diego de Valera i d’altres. Ocasionalment, l’autor tractà dues vegades d’un mateix tema o episodi, perquè en parlen dues d’aquestes cròniques consultades. Feu anotacions a diverses cròniques, en especial a la de López de Ayala. En aquest mateix sentit, negà crèdit a la llegenda d’Otger Cataló que divulgà Pere Tomic sobre els suposats orígens de Catalunya. La publicació de la primera part dels Anales (pel llibreter Pedro Bernuz) despertà polèmica: Alonso de Santa Cruz, cosmògraf major d’Índies i cronista de Felip II, li retragué que fos excessivament favorable a Aragó i als seus reis, en detriment de Castella. Zurita es defensà lamentant la mal·leabilitat dels relats històrics i assenyalà la incongruència del seu antagonista, que semblava veure els fets dels reis d’Aragó com si es tractés de reis estrangers. Els cronistes Ambrosio de Morales, Juan Páez de Castro i altres escriptors dels regnes de Castella sortiren en defensa de Zurita. També des de Catalunya s’aixecà alguna veu crítica sobre l’aragonesisme de l’autor, en particular la de l’arxiver Antoni Viladamor. Tanmateix, cal dir que el mateix títol de l’obra no era pas innocu; tal com ha mostrat Jesús Lalinde Abadia, l’expressió Corona d’Aragó, amb sentit territorial, estava lluny d’haver-se generalitzat i, de fet, el títol de Zurita contribuí a difondre-la, per bé que només apareix algunes vegades en el text de l’obra, on es parla més sovint dels regnes i dominis del rei d’Aragó. Mentre aquesta polèmica es desenvolupava, el cronista es retirà al poble d’Alpartir el 1565 per redactar la segona part dels Anales, en la qual hi esmerçà deu anys més. El 1576 el seu fill lliurà als diputats el manuscrit, juntament amb 12 lligalls amb els documents utilitzats en la seva preparació. Zurita tornà a Saragossa, i des del monestir plateresc de Santa Engracia, on s’hostatjà i on morí, prengué cura de l’edició i redactà els Indices rerum ab Aragoniae regibus gestarum, que constitueixen un epítom dels Anales; malgrat que arriben només fins al 1410, permeteren complementar l’edició en vulgar dels annals amb una edició extractada en llatí per tal de conservar les tradicions cronístiques anteriors, segons que s’establí en el seu nomenament. Els Anales escrits pels successius cronistes oficials, en canvi, foren redactats només en castellà. Els Indices incloïen igualment tres cròniques sicilianes i es publicaren el 1578, amb una tirada d’uns 1.000 exemplars. L’any següent, el 1579, s’ultimà la publicació de la segona part dels Anales, amb una tirada d’un miler d’exemplars. Durant els darrers anys de la seva vida treballà en una edició corregida, que fou publicada pòstumament (Simón de Portonariis 1585) amb una tirada d’uns 700 exemplars. El 1610, atès que es feia difícil trobar-ne exemplars, la Diputació promogué una nova edició perquè considerà que calia que n’hi haguessin en abundància («para honra deste reyno y memoria de los principios más antiguos de él»). Aquesta edició consistí en una reimpressió de la del 1585, amb la novetat d’incloure l’apologia d’Ambrosio de Morales i el parer favorable de Páez de Castro; el llibreter fou Lorenzo de Robles, se’n feu una tirada de 1.000 exemplars i és l’edició que actualment se sol trobar a les biblioteques. Finalment, el 1669, el taller de Diego Dormer feu una altra reedició de l’edició del 1610, amb les dues defenses de Zurita també incloses. Aquestes són les quatre edicions clàssiques dels Anales. En l’actualitat, hi ha dues edicions modernes: la del medievalista Antonio Ubieto, publicada per Anubar (València 1966), i la del paleògraf Ángel Canellas, per la Institución Fernando el Católico (Saragossa 1967-78, reed. 1976-90). Canellas n’ha editat també, a la mateixa Institución, la continuació, la Historia del rey Don Fernando (1994) i una traducció al castellà dels Indices rerum (1984). Els Anales de Zurita no tenien índex analític, i el 1604 el llibreter saragossà Alonso Rodríguez publicà un Índice de las cosas más notables que se hallan en las quatro partes de los Anales y las dos de la Istoria de Geronimo Zurita. El prepararen uns quants pares del col·legi dels jesuïtes de Saragossa i cal no confondre’l amb els Indices rerum o epítom llatí del 1578. El mencionat índex no satisfeu suficientment les necessitats del lector modern i Jaume Vicens i Vives mobilitzà un ampli equip per preparar un índex analític rigorós. La tasca no es pogué culminar i, posteriorment, la reprengué i completà Ángel Canellas, el qual el publicà a la Institución Fernando el Católico el 1985.