Els documents relatius a la Universitat de la Ciutat i Regne de Mallorca passaren, durant el s. XIX, al nou Arxiu del Regne de Mallorca en diferents fases. Amb tot, restaren a l’arxiu municipal algunes sèries documentals de l’antiga universitat com les relatives a gremis i a la taula nummular. També conserva una quantitat considerable de pergamins de la Universal Consignació. Les sèries de documentació administrativa del municipi són molt completes a partir del 1920. Amb el temps, ha anat incorporant diversos fons, entre els quals cal destacar els arxius familiars dels Desbrull (s. XVIII-XIX), els Cotoner (s. XVI-XX), els Barceló (s. XVIII-XIX) i els Socias de Tagamanent (s. XVI-XVIII). L’arxiu, que es trobava situat en unes dependències altes de les cases consistorials, patí un incendi a la darreria del s. XIX que destruí la documentació relativa a urbanisme. Posteriorment, fou reorganitzat, i el seu arxiver (1899-1912), l’historiador Benet Pons i Fàbregues, en publicà un interessant catàleg el 1907. El succeí com a arxiver municipal Josep Maria Tous i Maroto (1912-44). Des del 1998, l’arxiu es troba emplaçat a can Bordils, al carrer de l’Almudaina de Palma. Pere de Montaner Alonso n’és el director des del 1982.