La creació dels arxius dels departaments francesos és deguda a la llei del 5 brumaire an V (26 d’octubre de 1796); des de llavors, es procedí a reunir els arxius de les administracions i de les jurisdiccions suprimides per la Revolució Francesa. Posteriorment, al llarg dels segles XIX i XX, es recolliren els documents produïts per les administracions i els diversos organismes públics amb seu en el departament nord-català. La manca de personal competent —tot i la importància del gruix dels documents recollits— feu que els papers quedessin gairebé en un estat d’abandó —alguns es vengueren— fins el 1862, any en què Julià Bernat Alart fou nomenat arxiver, el qual deixà la seva petjada en la història de la institució. Alart organitzà el conjunt de les sèries antigues segons el model del 1841, redactà l’inventari sencer de la sèrie C (intendència del Rosselló, època moderna) que es publicà l’any 1877, i gairebé tot el de la sèrie B (Cambra del domini reial i senyorial i Procuració Reial), que fou editat el 1886. També publicà moltíssims articles i notícies històrics, arqueològics i filològics i, a més, transcriví una excepcional quantitat de documents sota la forma d’un Cartulari rossellonès (vg. Cartulari d’Alart) de prop de 30.000 pàgines.
A partir de la seva mort, tots els seus successors havien de ser diplomats de l’École des Chartes de París, l’escola dels arxivers francesos. Els arxius s’organitzaren entorn de les seves missions essencials: la recollida, la conservació, la comunicació i la valoració dels documents. L’arxiu restà durant dos segles al barri vell de Perpinyà fins que l’any 1979 fou traslladat a un edifici modern del barri del Molí de Vent. Avui dia, disposa d’una estructura de concepció moderna que permet assegurar plenament el paper de servei públic que pertoca als arxius. Els nou nivells de custòdia que controlen informàticament la temperatura i la higrometria propicien unes condicions òptimes de conservació dels documents. Una sala de lectura amb una capacitat per a 40 persones i una dotzena de lectors de microfilms faciliten la consulta dels diferents fons de l’arxiu, a més, tots els instruments de recerca i els inventaris es troben a l’abast del públic en aquesta mateixa sala. L’arxiu també consta de materials gràfics (gravats, postals, mapes), microfilms (de salvaguarda i de concentració de documentació nord-catalana conservada fora del territori), i també d’una biblioteca i una hemeroteca que es poden considerar fons de referència per a la història de la Catalunya del Nord.
Els títols de les sèries en què resta classificada la documentació de l’Arxiu Departamental dels Pirineus Orientals (ADPO) són els següents:
- Sèrie A: Actes del poder sobirà abans del 1790;
- Sèrie B: Corts i jurisdiccions abans del 1790;
- Sèrie C: Administracions provincials i control de les actes abans del 1790;
- Sèrie D: Instrucció pública, ciències i arts abans del 1790;
- Sèrie E: Títols feudals, títols de famílies, arxius de protocols notarials, Estat-civil, corporacions (1260-1901);
- Sèrie G: Clergat secular abans del 1790;
- Sèrie H: Clergat regular abans del 1790;
- Sèrie J: Documents ingressats per via extraordinària;
- Sèrie K: Lleis, ordenances, disposicions d’ençà del 1790...;
- Sèrie L: Administracions i tribunals de l’època revolucionària francesa (1790-1800);
- Sèrie M: Administració general i economia (1800-1940);
- Sèrie N: Administració i comptabilitat departamentals (1800-1940);
- Sèrie O: Administració i comptabilitat municipals (1800-1940);
- Sèrie P: Finances, cadastre, duanes, correus (1800-1940);
- Sèrie Q: Dominis, registre, hipoteques (1790-1940);
- Sèrie R: Afers militars, organismes del temps de guerra (1800-1940);
- Sèrie S: Obres públiques i transports (1840-1940);
- Sèrie T: Ensenyament, afers culturals, esports, d’ençà del 1800;
- Sèrie U: Justícia (1800-1940);
- Sèrie V: Cultes d’ençà del 1800;
- Sèrie X: Assistència i prevalença social (1800-1940);
- Sèrie Y: Establiments penitenciaris (1800-1940);
- Sèrie Z: Sotsprefectures de Ceret i Prada (1800-1940);
- Sèrie W: Arxius contemporanis (posteriors al 1940);
- Sèrie Fi: Mapes, plans i altres documents figurats ingressats per via extraordinària;
- Sèrie Mi: Microfilms;
- Sèrie Edt: Arxius municipals dipositats;
- Sèrie Hdt: Arxius hospitalaris dipositats (1116-1940);
- Sèrie BIB: Biblioteca dels arxius,
- Sèrie PER: Periòdics conservats als arxius.