La secció històrica d’aquest arxiu és situada a la placeta de l’Institut vell de Girona i ocupa unes dependències de l’edifici que havia estat convent dels caputxins primer i, després, centre de segon ensenyament. La sala de consulta —moderna i funcional— pot acollir amb comodi-tat una dotzena d’investigadors i disposa d’una notable biblioteca particularment ben proveïda de llibres d’història local. Els armaris compactes del dipòsit acullen més de 1.500 metres lineals de documentació des del s. XII fins als nostres dies. Les vicissituds que suportà l’arxiu al llarg de la història, no sempre favorables per a acomplir els seus fins custodis, començaren a desaparèixer al final de la dècada del 1970 quan s’inicià una política arxivística coherent a Catalunya. El 1983 l’arxiver Ramon Alberch, aplicant el model que proposava el Servei d’Arxius de la Generalitat, publicà la Guia-inventari de l’Arxiu Històric de l’Ajuntament de Girona, la qual continua essent el principal instrument per a investigar en aquest extraordinari fons documental. Lògicament, la plàcida monotonia del treball arxivístic, permanent i continu des d’aleshores, ha permès fer descripcions més acurades de determinades seccions. Una memòria anual, editada des del 1986, dona acomplida informació de les actuacions concretes dutes a terme en l’arxiu. La documentació conservada als dipòsits és l’habitual que generen els municipis catalans, amb la peculiaritat que la ciutat de Girona ha estat sempre capital administrativa, la qual cosa ha dotat els fons d’una quantitat i una qualitat especials. La guia inventari de Ramon Alberch classifica l’arxiu en 25 seccions: 1. Administració municipal, que inclou els manuals d’acords des de l’any 1345 (en procés de microfilmació i digitalització); la sèrie de correspondència —que comença el 1333—; els llibres de béns propis i les sèries de l’administració del forment, del vi, de les carnisseries i del glaç; els llibres de cadastre i credensa, fonamentals per a estudiar la fiscalitat entre el 1715 i el 1845; el fons de la Taula de Canvi i Comuns Dipòsits de la Ciutat de Girona, que consta de 55 llibres majors del 1568 al 1710; 2. Administració de justícia, sobretot de la presó municipal durant l’època contemporània; 3. Agricultura, ramaderia i pesca, en què destaca la sèrie de preus dels principals articles de consum, ressenyats des del principi del s. XVIII fins al final del s. XIX; 4. Associacions, amb documentació sobre els antics gremis de la ciutat i altres entitats culturals, polítiques, sindicals, esportives, religioses i industrials; 5. Beneficència, que integra fons referents a la Pia Almoina, l’hospici (1628-1855), l’hospital, l’Institut de Reformes Socials (1900-29) i el maridatge de donzelles (s. XVII-XIX); 6. Cultura, amb informacions sobre el teatre, les antigues fires de Girona i les visites reials; 7. Defensa, amb nombrosos lligalls relatius als setges que patí la ciutat, les quintes i els allistaments (1726-1920), els allotjaments (1694-1857) i els cossos de seguretat (sometent i policia municipal); 8. Demografia, on s’acullen les talles del s. XIV, els fogatges del s. XVI i els padrons dels s. XVIII, XIX i XX; 9. Eleccions, on destaquen les insaculacions dels s. XVI-XVIII i les eleccions provincials entre el 1820 i el 1888; 10. Església, que aplega la documentació que generà la relació de l’Ajuntament i l’Església amb motiu de la celebració de diverses funcions religioses, així com lligalls referits als convents de Sant Domènec i Peralada, entre d’altres; 11. Indústria i comerç, formada per memorials, interrogatoris i enquestes sobre l’activitat industrial i comercial de la ciutat; 12. Instrucció pública, que aplega una variada documentació sobre l’Estudi General, l’Escola de Dibuix, el projecte de l’Escola de Nàutica, les Escoles de Primeres Lletres, l’Institut d’Ensenyament Mitjà i el Col·legi de Montpeller, entre d’altres; 13. Obres públiques i urbanisme, on, a més d’una excel·lent col·lecció de plànols, es reuneixen els lligalls referents a la fortificació de la ciutat (s. XIV-XX), els ponts, les llicències d’obres per a particulars (des del principi del s. XIX), els camins, les carreteres i l’enllumenat elèctric; 14. Sanitat, que incorpora la documentació de la Junta Local de Sanitat, els llibres manuscrits referits a les epidèmies i els papers del cementiri; 15. Documentació notarial, d’origen molt divers i, particularment, els plets i els processos que l’Ajuntament de Girona interposà des de molt antic; 16. Llegats i arxius patrimonials, que engloba les abundants donacions documentals de particulars o d’entitats que s’han anat produint al llarg dels darrers anys, d’entre les quals destaquen el fons de l’arquitecte municipal en temps de la Segona República, Ricard Giralt i Casadesús, i el metge gironí de la segona mitat del s. XIX i principis del s. XX, Josep Pascual i Prats; 17. Pergamins, amb 2.093 peces, sobretot del període comprès entre els s. XIV-XVI; 18. Codis, cartularis, privilegis, consuetuds, on es guarden les joies de l’arxiu, els llibres de privilegis anomenats groc, verd i vermell (recentment publicats); 19. Cartografia i material gràfic, que custodia una important col·lecció de mapes i plànols de l’època contemporània i una extensa reunió de goigs, estampes, cobles i oracions; 20. Segells, una secció amb escàs material; 21. Llibres manuscrits, un total de 28 llibres, dels quals destaca el manuscrit siscentista de Jeroni de Real (estudiat i publicat el 1994 per Joan Busquets) i el de Manuel Cúndaro, sobre els setges de Girona durant la guerra del Francès (publicat el 1950 per Lluís Batlle i Prats); 22. Biblioteca, amb un fons important anterior al 1800; 23. Hemeroteca, on s’acullen la major part dels diaris publicats a Girona des del final del s. XVIII; 24. Arxiu fotogràfic, un fons integrat per fotografies, postals, gravats i pel·lícules; 25. Diversa és, al marge de la documentació de les poblacions circumstancialment agregades al municipi de Girona (Salt, Sarrià de Ter), un calaix de sastre format per uns quants lligalls plens de sorpreses difícils de classificar. De tots els fons documentals, el que més s’ha potenciat els darrers anys ha estat el fotogràfic o de la imatge. L’any 1997 es creà el Centre de Recerca i Difusió de la Imatge, dependent de l’Arxiu Municipal, que aplega més de 630.000 fotografies i 750 pel·lícules referents, sobretot, a la ciutat de Girona i les comarques gironines. Aquest extraordinari arxiu fotogràfic s’ha constituït amb el fons de l’Ajuntament, les adquisicions de col·leccions privades i les donacions de particulars. La informatització del catàleg i el procés de digitalització de les imatges suposà una experiència pionera a Catalunya i arreu de l’Estat espanyol.