Realitzà estudis de medicina a la Universitat de València, on es llicencià al juliol del 1845. Traslladat a Algemesí, es casà el 1846 amb Vicenta Maria Niclós, membre de la burgesia agrària local, i residí en aquesta població fins a la seva mort. Combinà la seva activitat professional amb la participació política i cívica i la producció històrica. Fou metge de l’Hospital de Pobres des del 1857 i metge titular municipal des del 1884. Desplegà una notòria dedicació durant l’epidèmia de tifus del 1853, les de còlera del 1854, el 1855, el 1860, el 1865 i el 1885 –en aquesta darrera aplicà als malalts la inoculació del doctor Ferran–, a més de prestar socors després de la gran inundació riberenca del 1864. Imbuït d’una ideologia liberal conservadora, que a la fi resultà ser bastant més progressista i il·lustrada que la dels seus coetanis locals, durant el Bienni Progressista ocupà el càrrec de síndic personer a l’Ajuntament, el 1855. Decebut pel fort caciquisme imperant, abandonà la política i es dedicà exclusivament a quefers cívics i intel·lectuals.
Des del 1854 fou membre de la Junta Municipal de Sanitat i Beneficència, de la Junta d’Instrucció Local des del 1879, president del Jurat de Regs des del 1878 i diputat per Algemesí a la Junta de la Sèquia Reial del Xúquer (1882), membre de l’Institut Mèdic Valencià i soci corresponsal de la Reial Societat Econòmica d’Amics del País de València.
La seva producció historiogràfica fou presidida per la pròpia formació cientificopositivista, pel corrent literari romàntic imperant als ambients intel·lectuals del moment i per la defensa dels interessos agraristes col·lectius de la vila, fonamentalment dels drets històrics de regs. L’any 1857 acabà el primer treball, amb el títol Topografía médica de la Villa de Algemesí, que no fou editat. Quan el 1874 acabà la seva producció més notòria, Historia de la Villa de Algemesí, li afegí com a capítol introductori la Topografía médica... L’obra destaca per l’aportació documental i per l’anàlisi de la historiografia dels clàssics (Viciana, Beuter, Escolano, Bleda, Cabanilles) i del seus coetanis Madoz i sobretot Vicent Boix. No fou publicada fins el 1958 per uns erudits locals que fundaren la Biblioteca Ségena i un impressor també local, Joan B. Juan. El 1988 se’n feu una reimpressió. El manuscrit original, propietat de l’Ajuntament d’Algemesí, es conserva a l’Arxiu Municipal. El 2001 fou reeditat a cura de Vicent Josep Escartí. L’any 1882 Ballester publicà l’opuscle La Veintena en las partidas de Cotes i Pardines del Término de Algemesí i, el 1885, un altre opuscle que recollia els articles apareguts en el periòdic comarcal El Eco del Júcar sobre la polèmica motivada per un projecte de desviament del Xúquer.