Fou jutge municipal a Girona, diputat provincial pel districte de la Bisbal d’Empordà (1874-75) i un dels fundadors de l’Associació Literària i de la Revista de Gerona. Després exercí la carrera d’advocat a Madrid. El 1886 ingressà com a membre numerari en la Real Academia de la Historia. També fou membre de la societat francesa de numismàtica i arqueologia, secretari particular del ministre d’Ultramar, Víctor Balaguer, i secretari del consell general d’Instrucció Pública.
Les seves aportacions en el camp historiogràfic se centraren en la numismàtica i en l’estudi de la revolució del 1640. En el primer aspecte fou fundador del Memorial Numismático Español,facilità dades a Heiss per a la redacció de l’obra sobre les monedes hispanocristianes posteriors a la invasió musulmana i col·laborà amb un estudi sobre les antigues monedes d’Empúries i Roses que fou inserit en l’obra d’Antonio Delgado Nuevo método de clasificación de medallas autónomas de España (1868).
Pel que fa al segon aspecte, sobresurten els treballs Gerona en la revolución de 1640 (1881), Melo y la revolución de Cataluña en 1640 (1886), sobre l’obra procatalana del portuguès Francisco Manuel de Melo, i l’edició castellana de la Crònica de Miquel de Parets, apareguda en Memorial Histórico Español (1888-89). Influït per la historiografia castellanista de la Restauració, Pujol rebutjà el valor científic de l’obra de Melo, desmitificà la transcendència del Corpus de Sang i devaluà la figura de Pau Claris. També publicà Nomenclátor geográfico-histórico de la provincia de Gerona desde la más remota antigüedad >hasta el siglo XV, amb la col·laboració de Pere Alsius (1883).