Amb el suport de l’alcalde i l’arxipreste aconseguiren fundar el Centre amb l’objectiu d’aprofundir el coneixement del medi i conservar el llegat històric, donar acollida als grups d’estudiosos, publicar estudis, realitzar conferències i augmentar els contactes recíprocs amb entitats semblants, com per exemple els Amics de Besalú. Les seves seccions són: geologia, paleontologia, prehistòria, edat antiga, època medieval, etnologia cultural, filologia catalana i història. L’àmbit d’estudi és la comarca i la seva zona d’influència, així com les àrees històricament lligades a Banyoles. Disposa d’una biblioteca, un arxiu i un museu. El Centre publica una revista, Quaderns del Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles, i monografies com La comarca de Banyoles i la Divisió Territorial de Catalunya (1977). També ha editat els treballs de mossèn Lluís Constans.