Des dels seus orígens se’n programaren tres sèries: monografies, textos clàssics i repertoris biobibliogràfics. La sèrie de repertoris biobibliogràfics ha realitzat una àmplia contribució a la bibliografia científica espanyola moderna i contemporània amb obres com la Bibliograhia Medica Hispanica, la Bibliographia Chemica i la Bibliographia Histórica de la Ciencia Moderna en España, entre d’altres. En les sèries de monografies i textos clàssics s’ha publicat una àmplia col·lecció d’obres, principalment dedicades a la història de la medicina espanyola moderna i contemporània.
Durant els primers anys de la dècada de 1970-80, la col·lecció es coedità entre la càtedra d’història de la medicina de València i el Departament d’Història de la Medicina de Granada, per la qual cosa canvià el nom per Cuadernos Hispánicos de Historia de la Medicina y de la Ciencia. A partir del 1985, la seva filiació institucional passà a l’Instituto de Estudios Documentales e Históricos sobre la Ciencia (Universitat de València-Consell Superior d’Investigacions Científiques), que des del 1999 rebé el nom d’Instituto de Historia de la Ciencia y Documentación López Piñero (UV-CSIC). En l’actualitat la col·lecció consta de més de 50 volums. Els Cuadernos Valencianos de Historia de la Medicina y de la Ciencia foren inicialment dirigits per J.M. López Piñero, el qual més tard compartí durant un quant temps la direcció amb Ll. Garcia i Ballester. N’exercí la direcció novament en solitari en la darrera etapa fins a la seva jubilació el 1998. La figura del secretari ha estat representada per F. Bujosa Homar i J.L. Fresquet, i el consell de redacció l’ocupen M.J. Báguena, J.L. Barona, J.L. Fresquet, M.L. López Terrada, J.A. Micó Navarro, V. Navarro, J. Pardo, E. Portela, V.L. Salavert, A. Soler i A. Ten.