Autor de set llibres, diverses traduccions i més de 40 articles d’investigació, publicats en revistes com Hispania i Anales del Instituto de Estudios Gerundenses, entre d’altres. Des de la dècada del 1950 publicà treballs sobre les Corts del 1635, la figura del cardenal infant com a virrei de Catalunya, sobre la història de Navarra –en especial els virreis i capitans generals navarresos a Amèrica– i també sobre algun escrit inèdit de Calderón de la Barca, la major part dels quals en la revista Hispania. La seva obra més important és El Conde-duque y Cataluña (1964), llibre que té l’origen en la seva tesi doctoral i que rebé un premi extraordinari a la Universitat de Barcelona (1958). L’autor es proposà investigar les causes de la guerra dels Segadors com un modern Tucídides. El treball s’inicia el 1621, amb l’arribada al tron de Felip IV, i comprèn els esdeveniments fins el 1641, any en què quedà clar que la guerra anava endavant i totes les mesures del comte duc d’Olivares havien fracassat. L’obsessió de Zudaire és doble: d’una banda, les responsabilitats en aquests casos sempre són compartides, de manera que el ministre de Felip IV fou intransigent en la mesura que les institucions catalanes permeteren a França apoderar-se del Rosselló; i, d’altra banda, hi ha la por a la desintegració d’Espanya. L’autor es pogué aprofitar de la seva tasca d’arxiu que, si bé és important, no arriba, per exemple, al nivell de l’obra de mossèn Josep Sanabre. L’obra de Zudaire traspua, en general, un to anticatalanista i justificador de la política d’Olivares.