Nascut en el si d’una família benestant originària de Santa Cristina d’Aro, es llicencià en teologia i dret a Barcelona, i fou ordenat de prevere el 1869. Ja en plena joventut, freqüentà tertúlies antiliberals i adoptà postulats ideològics tradicionalistes i reaccionaris. Es relacionà amb cercles integristes i procarlins, com el també historiador i amic personal Ferran de Sagarra i de Siscar. Exercí com a professor de patrologia i oratòria al Seminari Conciliar de Barcelona. L’any 1879 participà en la formació d’un museu arqueològic a Barcelona i fou membre de la comissió de vigilància contra el modernisme. El 1903 fou nomenat cabiscol del capítol de la catedral de Barcelona pel pontífex Lleó XIII, en virtut dels seus treballs historicoliteraris i de la seva pietat. De la mateixa manera que Gaietà destacà en la història eclesiàstica del s. xix, dos dels seus germans, Josep-Antoni i Lluís, també passaren a la història per les seves aportacions a la medicina; el primer com a oftalmòleg i el segon com a neuròleg. L’altre destacat eclesiàstic de la família i nebot seu fou el cardenal Francesc Vidal i Barraquer.
La religiositat de Gaietà Barraquer i el seu interès per la decadència i l’exclaustració conventuals del 1835 el portaren a estudiar la història dels monestirs catalans en la seva etapa decadent. El 1880 començà les investigacions sobre la crema de convents del 1835. La seva finalitat no era únicament historiogràfica, sinó també apologètica, tal com ho constaten els dos volums de l’obra Las casas de religiosos en Cataluña durante el primer tercio del siglo XIX (1906), excel·lent treball molt ben documentat d’inventari, anàlisi i reconstrucció dels convents catalans dels diferents ordes regulars, amb la finalitat de mostrar-ne el patrimoni cultural i arquitectònic com a valor justificatiu de la seva existència. L’altra gran obra de Gaietà Barraquer, Los religiosos en Cataluña durante la primera mitad del siglo XIX (1915-17), en quatre volums, narra els fets de la persecució religiosa a Catalunya el 1835 pel liberalisme, el qual és identificat com l’hereu de la Reforma protestant, del regalisme i del jansenisme del s. XVIII, de la Revolució Francesa (1789-99) i de l’actuació de les tropes napoleòniques durant la guerra del Francès (1808-14).
L’obra historiogràfica de Barraquer és una de les més destacades de la historiografia clericalista espanyola d’ençà de la revolució liberal, sobretot com a resposta a la història oficial i liberal. Barraquer ofereix una visió dels fets revolucionaris de caràcter tradicionalista. La crema de convents, l’exclaustració i la desamortització s’expliquen pel caràcter irreligiós del liberalisme, organitzador d’una conjura mundial contra l’Església. D’entre les influències immediates de Barraquer, destaca l’o- bra de Francesc Muns i Castellet Los mártires del siglo XIX (1888), prologada pel clergue integrista Fèlix Sardà i Salvany. Altres influències procedeixen del reaccionari francès abbé Barruel i dels espanyols Francisco Alvarado i Menéndez y Pelayo.
Metodològicament, l’obra de Barraquer destaca per l’ús de les fonts orals. Entrevistà molts frares exclaustrats i liberals que visqueren la crema i destrucció dels convents, i aporta extenses i detallades informacions que contrastà amb les fonts escrites, bàsicament de caràcter liberal. Consultà també molta documentació original d’alguns monestirs catalans, que esdevé avui d’un gran valor documental per a estudiar-ne la història.
Al marge de les seves dues grans obres, Barraquer fou un col·laborador constant de la revista La Ciencia Cristiana, i publicà estudis diversos de menor magnitud com ara Fundamento jurídico de la Inquisición i Estudio crítico-histórico-apologético sobre la supuesta caída del papa San Marcelino.