Se subtitula Revista de Historia Eclesiástica.
El CSIC, fundat el 1939, s’organitzà en patronats i instituts: Francisco Suárez, de teologia i Sagrada Escriptura; Sant Ramon de Penyafort, de dret canònic; San Toribio de Mogrovejo, de missiologia; Enrique Flórez, d’història eclesiàstica. Aquest darrer es constituí l’any 1945 sota el guiatge de l’agustinià fra José López Ortiz. La seva promoció al bisbat de Tuy deixà orfe de comandament el projecte de revista de la institució, fins que Josep Vives se’n feu càrrec. El 1948 es publicà el primer número d’Hispania Sacra. La revista tingué diverses seccions: una sobre les recerques d’història de l’Església espanyola; una altra sobre les notes i miscel·lànies d’utilitat per als especialistes, i una última per a tractar de suplir la mancança de catàlegs, prioritzant les descripcions dels fons dels arxius i de les biblioteques eclesiàstiques. També s’hi inclogué una triple part bibliogràfica que s’interessà pels butlletins sobre qualsevol tema d’història de l’Església, les recensions d’obres importants i les bibliografies sistemàtiques d’història eclesiàstica hispana. La revista es proposà no editar cap investigació d’història de la teologia, de la patrística, de la Sagrada Escriptura, del dret canònic, de les missions a partir del s. XVI i dels ordes religiosos a partir del s. XIII. El 1960, a més, s’acordà incloure en la Hispania Sacra un apartat titulat “Noticiario español de Historia eclesiástica” que havia de contenir tota mena de notícies provinents de les diòcesis i províncies eclesiàstiques de l’Estat espanyol.
La revista nasqué amb una ferma identitat nacionalcatòlica, que posteriorment evolucionà cap a la priorització científica, la neutralitat política i la tolerància religiosa. Des dels inicis, Hispania Sacra esdevingué una de les revistes més professionals d’història de l’Església, amb la novetat que els seus límits geogràfics, temàtics i d’autor deixaven de ser els estrictament hispànics. Tot i així, la llengua d’expressió fou únicament el castellà. El consell de redacció de la revista inclogué tots els membres de l’Institut P. Enrique Flórez de l’any 1948: el president, Enric Pla i Deniel, cardenal arquebisbe de Toledo; el director, fra José López Ortiz, bisbe de Tuy; el sotsdirector primer, monsenyor Pascual Galindo Romeo; el sotsdirector segon i director de la revista, Josep Vives i Gatell, i el secretari de la revista, Tomás Marín.
Actualment, la revista consta d’un director, José Andrés-Gallego, i un secretari, Miguel Ángel de Bunes Ibarra; d’un consell de redacció (A. Barcala, M. Batllori, M.Á. de Bunes, J.M. Cuenca, J. Formentín, D. Muñoz, H. Kamen, A. Saint-Saëns i J. Martín Tejedor), i d’un consell d’assessors (A. Borromeo, O. Engels, J. Goñi, J. García, M. Morán, R. Aubert, K. Elm, L. Tormo, H. Juretsche i P. García Rojo). D’altra banda, J.M. Madurell, J. Vives, À. Fàbrega, A.M. Olivar, E. Junyent, M. Mitjà, J.M. Casas, J. Rius, Ll. Batlle, Ll. Sala, P. Voltes, J.M. Barnadas, J. Janini, J.M. Marquès, A. Echanove, M.A. Vilaplana, G. Llompart, P. Bertran, V. Cárcel, J.B. Vilar, A. Mestre, A. Cordoliani, J. Trenchs i F. de Moxó són alguns dels investigadors que han mantingut la continuïtat dels estudis sobre l’Església dels Països Catalans en les seves pàgines.