Es constituí inicialment com a centre d’estudis històrics –amb comissions històrica, arqueològica, literària i jurídica– fins que el 1911 es passà d’aquell Institut únic a un de triple –amb la incorporació d’una nova Secció Filològica i una altra de Ciències– i el nucli primitiu es convertí en la Secció Historicoarqueològica (SHA), amb pressupost, publicacions i serveis propis. El primer president fou Antoni Rubió i Lluch, catedràtic d’història de la literatura a la Universitat de Barcelona i formador d’una nova generació d’historiadors dins la seva càtedra dels Estudis Universitaris Catalans, la generació del 1917 o de l’Institut, representada pel seu fill Jordi Rubió i Balaguer, Ramon d’Alòs-Moner –futur secretari general de l’IEC–, Francesc Martorell –futur secretari de la SHA–, Lluís Nicolau i d’Olwer, Ramon d’Abadal, Ferran Valls i Taberner, Ferran Soldevila i Josep M. de Casacuberta. El primer secretari, fundador també, fou Josep Pijoan, historiador de l’art, que el 1911 abandonà l’Institut per crear l’Escola Espanyola de Roma, d’acord amb el Centro de Estudios Históricos de la Junta de Ampliación de Estudios. Els altres membres fundadors designats per Prat de la Riba foren Jaume Massó i Torrents, Joaquim Miret i Sans, descobridor de les Homilies d’Organyà i secretari de l’Acadèmia de Bones Lletres; Josep Puig i Cadafalch, arquitecte, polític i arqueòleg; Guillem M. de Brocà, historiador del dret; Pere Coromines, polític, jurista i economista, que passà el 1911 a la Secció de Ciències, i Miquel dels Sants Oliver, literat mallorquí i director de La Vanguardia. Tots eren medievalistes, excepte Oliver, estudiós de la literatura mallorquina del s. XIX i de la Catalunya en temps de la Revolució Francesa.
La primera missió de la SHA fou preparar el fons documental i bibliogràfic que formà la Biblioteca de Catalunya, oberta al públic el 1914. Les primeres obres publicades per la SHA tingueren un gran impacte: Les pintures murals catalanes (1907-21), de Pijoan; L’arquitectura romànica a Catalunya (1909-18), de Puig i Cadafalch, Antoni de Falguera i Josep Goday; Les monedes catalanes (1908-11), de Joaquim Botet i Sisó; Documents per a la història de la cultura catalana medieval (1907-21), de Rubió i Lluch –autor també d’un altre corpus documental que no aparegué fins el 1947: Diplomatari de l’Orient Català (1301-1409). Col·lecció de documents per a la història de l’expedició catalana a Orient i dels ducats d’Atenes i Neopàtria–; les obres d’Ausiàs March (1912-14), a cura d’Amadeu Pagès; les bibliografies d’impressions lul·lianes (1915-27), d’Elies Rogent i Estanislau Duran; les obres de Francesc Eiximenis (1909-10), a cura de Massó i Torrents; Privilegis i ordinacions de les Valls Pirinenques (1915-20), de Valls i Taberner, obra bàsica per al dret d’Andorra i les comarques veïnes; L’escola poètica de Ripoll en els segles X-XIII (1915-20), Lluís Nicolau i d’Olwer, membre de la Secció Filològica i investigador de la història de la literatura, assignada a la SHA. El 1908 aparegué el primer volum de l’Anuari de l’Institut d’Estudis Catalans, que es publicà fins el 1936, quan aparegué el número vuitè (1928-31). A part dels estudis monogràfics innovadors que contenia, oferia una crònica que presentava les darreres novetats historiogràfiques, amb col·laboracions d’investigadors forans. Tot aquest conjunt de publicacions i les relacions internacionals establertes de bon antuvi concediren a la historiografia catalana un espai diferenciat i reconegut pels erudits d’arreu. Com a primer fruit de l’ambiciós i detallat programa d’edició crítica de les cròniques catalanes, elaborat per Massó i Torrents, es publicà la Gesta comitum Barcinonensium (abans del 1936), a cura de Barrau Dihilo i del mateix Massó. Des del 1922 l’IEC formà part de la Unió Acadèmica Internacional (UAI), amb seu a Brussel·les i la SHA fou el nexe permanent entre aquesta i l’IEC, de manera que dels onze programes de la UAI amb participació de l’IEC, deu pertanyen a les àrees de coneixement de la SHA.
A partir de 1914-15 s’encomanaren quatre serveis, amb pressupost propi, a la SHA: el de conservació i catalogació de monuments; el d’excavacions, dirigit per Pere Bosch i Gimpera amb l’ajut de Josep Colomines; el de conservació i catalogació d’arxius i biblioteques locals d’interès històric i el de catalogació i foment de museus locals. Aquests dos darrers començaren per la institució de premis anuals, passaren a subvencionar (1919) programes determinats i tornaren als premis (1931). Era una manera de fomentar els arxius i museus locals, atès que la Mancomunitat no tenia recursos per a subvencionar-los tots. Bosch i Gimpera vinculà el servei d’excavacions amb la UB, on fou catedràtic a partir del 1916, estructurà i programà la nova especialitat de la prehistòria i formà deixebles col·laboradors com Josep de C. Serra i Ràfols, Lluís Pericot i Alberto del Castillo. Els serveis esmentats foren adscrits directament a la Diputació, quan la Mancomunitat fou dissolta per la dictadura de Miguel Primo de Rivera i l’IEC restà sense subvenció ni reconeixement públics. El 1930 tornaren a dependre de la SHA fins a la guerra civil, prenent noves dimensions amb el nou Museu d’Arqueologia a Montjuïc. Entre el 1930 i el 1939 recuperà el patrocini de la Diputació i, després, de la Generalitat i es traslladà amb la resta de l’IEC a la Casa de Convalescència de l’antic Hospital de la Santa Creu. L’ambiciós programa d’edició de diplomataris i cartularis començà amb la publicació dels documents catalans anteriors a l’any 1000, encomanada el 1920 a Abadal. Fins el 1950 no aparegué el primer tom d’aquesta magna obra, la Catalunya carolíngia, de la qual resten encara tres volums en preparació força avançada. Entre les altres obres relacionades amb les fonts medievals destaca Els textos d’historiadors musulmans referents a la Catalunya carolíngia, de Josep M. Millàs i Vallicrosa, continuada més tard per Joan Vernet i Dolors Bramon.
Al costat de l’Anuari i d’una altra publicació periòdica, Estudis Universitaris Catalans (EUC) –també vinculada a la SHA– i de l’edició de fonts, aparegué la col·lecció de monografies denominada “Memòries de la SHA”, de la qual aparegueren sis títols (fins el 1936). Si bé les publicacions no s’estroncaren durant la dictadura de Primo de Rivera gràcies al mecenatge privat, la guerra civil representà una pertorbació seriosa per a la SHA. Quan el règim franquista tancà l’IEC, només restava un sol supervivent de la SHA amb capacitat activa i de la generació dels fundadors per a la represa en la clandestinitat (1942): Puig i Cadafalch, el president de la SHA i de l’IEC tornat de l’exili. Es reprengueren les reunions i es decidí refer l’IEC amb Ramon Aramon de secretari general (1942-89). S’ompliren les vacants i, malgrat la pèrdua dels locals, dels serveis i de la subvenció pública, la SHA de l’IEC recuperà el lloc que havia ocupat abans, aglutinà les noves generacions d’historiadors amb la restauració dels EUC, amb la creació com a filial (1946) de la Societat Catalana d’Estudis Històrics, amb el restabliment de les relacions amb la UAI i amb les entitats europees per part d’Aramon –identificat amb la SHA tot i pertànyer a la Secció Filològica–, amb la reaparició dels premis i la recuperació de les publicacions, que entre el 1947 i el 1960, sense passar censura, assoliren un ritme –encara que no una difusió– similar al dels anys trenta. Després de l’ingrés de nous membres durant els anys quaranta, com Rubió i Balaguer, Joaquim Folch i Torres, Agustí Duran i Sanpere, Ramon d’Abadal, Higini Anglès i Ferran Soldevila, al llarg dels cinquanta i els primers seixanta entraren d’altres com Joan Ainaud, Jaume Vicens i Vives i Miquel Coll i Alentorn. Els anys setanta ingressaren Josep M. Font i Rius, Manuel Mundó, Emili Giralt, Joaquim Molas, Miquel Tarradell, Pere de Palol, J. Vernet i Joan Fuster.
Després del reconeixement oficial de l’IEC (1976), vingué la recuperació dels locals i de la subvenció pública als anys vuitanta, així com l’ampliació del nombre de membres i la constitució de noves societats filials, totes elles dotades de la corresponent publicació anual, com ara la Societat Catalana d’Estudis Litúrgics (1970), la de Musicologia (1973), Amics de l’Art Romànic (1977), la Societat Catalana d’Estudis Numismàtics (1979) i la d’Estudis Hebraics (1995). Una novetat dels darrers anys ha estat la major atenció de la SHA envers la història contemporània, amb la publicació de llibres com ara Teoria i crítica en el Noucentisme: Joaquim Folch i Torres (1991), de Mercè Vidal; La Mancomunitat de Catalunya i l’autonomia, 1914-1925 (1996), d’Albert Balcells, amb la col·laboració d’Enric Pujol i Jordi Sabater; Obra completa d’Enric Prat de la Riba (1998-2000, 3 vol.), a cura d’Albert Balcells i Josep M. Ainaud; Repertori de catàlegs d’exposicions individuals d’art a Barcelona, 1900-1939 (1999), dirigit per Francesc Fontbona, i El primer diari en llengua catalana. Diari Català, 1897-1881 (1999), de Josep Maria Figueres. Com les altres seccions de l’IEC, la SHA ha publicat el report de la recerca en història (1998), dirigit per Albert Balcells, i el report de la recerca en història de l’art (1999), a càrrec de Francesc Fontbona.
Des de l’any 2000 la SHA ha mantingut relacions estretes i regulars amb la UAI i ha portat a terme 15 programes de recerca: la cova de l’Arbreda i els jaciments paleolítics de Serinyà (sota la responsabilitat de Narcís Soler), recerca arqueològica a Guissona (Josep Guitart), estudi del paisatge arqueològic antic a la Cossetània oriental (Josep Guitart), Tabula Imperii Romani –programa de la UAI– (Josep Guitart), Corpus Inscriptionum Latinarum –programa de la UAI– (Marc Mayer), Catalunya carolíngia (M. Mundó i J.M. Font i Rius), Centre d’Art Romànic Català (Joan-Ferran Cabestany), Corpus de manuscrits il·luminats medievals de Catalunya (M. Mundó i Xavier Barral), Corpus documental de les relacions internacionals de la Corona d’Aragó (Maria Teresa Ferrer i Manuel Riu), Corpus d’orfebreria catalana medieval: l’obrador de Girona (Núria de Dalmases), Corpus Vitrearum Medii Aevi –programa de la UAI, endegat per Joan Ainaud i amb 4 volums publicats dels 5 previstos– (M. Mundó i X. Barral), Documents per a l’estudi del mercat urbà de cereals a Catalunya, s. XIV-XV (Antoni Riera), Repertori de manuscrits catalans del s. XVI, 1474-1620, amb un primer volum publicat el 1998 (Eulàlia Duran), Repertori de les exposicions col·lectives d’art a Catalunya fins el 1938 (F. Fontbona) i Història de l’Institut d’Estudis Catalans (A. Balcells).
- BALCELLS, A.: “Secció Històrico-Arqueològica. Quinze programes entre mans”, Avui, suplement de l’11 de setembre de 2000.
- BALCELLS, A.; pujol, e.: Història de l’Institut d’Estudis Catalans. I, 1907-1942, IEC-Afers, Barcelona-Catarroja 2002.
- COLL I ALENTORN, M.: Els primers setanta-cinc anys de l’Institut d’Estudis Catalans, Fundació Jaume I, Barcelona 1981.
- d. a.: L’Institut d’Estudis Catalans. Els seus primers XXV anys, Generalitat de Catalunya, Barcelona 1935.
- GALÍ, A.: Història de les institucions i del moviment cultural a Catalunya, 1900-1936, Llibre XVII, Barcelona 1986.
- MUNDÓ, A.M.: “Passat, present i futur de la Secció Històrico-Arqueològica de l’IEC”, Serra d’Or, 450, 1997, p. 28-35.