Des d’un principi, quedà adscrit al Patronat Josep Maria Quadrado del CSIC. Entre el 1951 i el 1966 publicà diversos llibres de caràcter històric: Derecho foral ibicenco (1950), de J. Costa i Ramon; Santa María la Mayor. Los cronistas (apuntes históricos) (1951), Historia de Ibiza: Crónicas siglo XIX (1955), Historia de Ibiza: Antigüedad (1957) i Historia de Ibiza: Costumbrismo (1960), d’I. Macabich i Llobet; La triple muralla de la Ibiza árabe. Ensayo de topografía histórica (1962), d’A. Costa i Ramon, i Historia de Ibiza: Costumbrismo II (1966), d’I. Macabich i Llobet.
A partir del 1960 entrà en un llarg període d’inactivitat i, pràcticament, desaparegué com a institució dins de l’organigrama de l’Ajuntament d’Eivissa. El 1970 un grup de joves encapçalats pel pintor i poeta Josep Marí i Marí decidiren rellançar les seves activitats sota la tutela de Marià Villangómez. El plantejament fou totalment diferent al de la primera època: el català es convertí en la llengua de totes les activitats de l’Institut i es mirà d’aconseguir una independència total de l’Ajuntament, cosa que finalment s’aconseguí en aprovar-se’n (1974) els nous estatuts. Tanmateix, continuà adscrit al Patronat Josep Maria Quadrado fins a la seva desaparició (1977). Durant els primers anys de la represa defensà aferrissadament la recuperació de les senyes d’identitat del poble eivissenc i, més concretament, la recuperació de l’ús del català en totes les facetes de la seva activitat. L’estiu del 1975 començà a publicar dues pàgines setmanals, íntegrament en català, a Diario de Ibiza (que foren les primeres pàgines de periòdic escrites en català). També apostà decididament per la recuperació de la democràcia, per la qual cosa rebé nombroses amenaces de tancament i veié suspeses diverses activitats públiques.
D’entre les seves primeres iniciatives destaquen: la recuperació de la revista Eivissa, escrita en català (llevat d’alguns articles dels primers números que encara empraven el castellà) i la realització anual del Curs Eivissenc de Cultura, que el 2000 assolí la XXVI edició. Cadascuna d’elles es dedicà a alguna efemèride o a un tema d’interès i actualitat. També es tractaren temes de caràcter històric: La ciutat d’Eivissa; La conquesta, les murades, les parròquies, tres dades: 1235, 1585, 1785; Eivissencs en el temps; L’Arxiduc a les Balears; El segle XVIII, segle de canvis, i Formentera: tres-cents anys? D’entre els conferenciants sobresortiren: Benjamí Costa, Neus Escandell, Joan Filigrana, Joan Marí i Cardona, Isabel Moll i Blanes, Josep Piña i Ramon, Joan Planells i Ripoll, Ernest Prats, Joan Prats i Bonet, Guillem Rosselló i Bordoy, Sebastià Serra, Gabriel Sorà, Miquel Tarradell i Rosa Vallès.
Una altra activitat cívica rellevant és la celebració, des del 1971, de la Festa de la Nit de Sant Joan. Al llarg de la festa es lliuren els premis de la Nit de Sant Joan per als treballs d’investigació. Els millors treballs són publicats a càrrec de l’Institut. D’entre els que ja han estat publicats destaquen: Aportació inicial al coneixement de les plantes d’Eivissa i Formentera (1974); Les salines d’Eivissa i Formentera (1983); La Guerra Civil a Eivissa i Formentera (1985); L’Estany Pudent, un món d’ocells (1987); Qui vol peix... Aportació a l’estudi dels ormejos de pesca i al vocabulari nàutic de Formentera (1990); Eivissencs i formenterers als camps nazis (1995), i Les lògies pitiüses davant el tribunal especial per a la repressió de la maçoneria i del comunisme (1999).
D’entre la bibliografia de caràcter històric que publica l’Institut sobresurt la col·lecció “Illes Pitiüses”, obra de l’historiador i canonge arxiver de la catedral d’Eivissa Joan Marí i Cardona, amb sis volums publicats des del 1976: La conquesta catalana de 1235 (1976), Els llibres d’Entreveniments (1981), Formentera (1983), Balansat (1984), Santa Maria d’Eivissa (1985) i Portmany (1990). En aquesta col·lecció es dissecciona la història de les Pitiüses des de la conquesta catalana del 1235 i, després, es fa un estudi, quartó per quartó, fent una petita nota sobre cadascuna de les hisendes i de les famílies que hi ha habitat. Aquesta entitat també ha aglutinat totes les activitats que tenen com a tret distintiu la defensa de la catalanitat de les illes i ha participat d’una manera decidida en el Congrés de Cultura Catalana, el II Congrés Internacional de la Llengua Catalana i el 750 Aniversari de la Conquesta Catalana de les Pitiüses (1985). Una altra activitat molt destacada és l’organització de cursos de llengua catalana, la redacció de diversos informes que estableixen la toponímia de les Pitiüses i la revisió del nomenclàtor dels carrers de la ciutat d’Eivissa i de diversos pobles.