La creació tingué lloc també gràcies al patrocini de l’Ajuntament de Figueres. L’objectiu és la promoció i la recerca de publicitat dels treballs derivats d’estudis i investigacions referents a l’Empordà. Els socis són representats per una junta constituïda per un president, un vicepresident, un secretari, un bibliotecari, un tresorer, cinc vocals, dels quals un en representació de l’Ajuntament de Figueres i un altre en representació del Centre d’Estudis Baix Fluvià, adherit a l’Institut. Disposa d’una biblioteca i publica una revista, Annals de l’Institut d’Estudis Empordanesos, amb articles sobre història comarcal, geografia, economia i art. També es promou la publicació de monografies locals.