El seu funcionament era autònom, per a poder fomentar activitats de caràcter cultural i científic. Posteriorment fou vinculat al Patronat Francesc Eiximenis, organisme autònom local de la Diputació de Girona molt important en el moment de la creació del centre, i a la Confederació Espanyola de Centres d’Estudis Locals (CECEL) del CSIC. Disposa d’una assemblea de socis i d’una junta de govern, presidida per Pere de Palol. Porta a terme conferències, actes commemoratius i publicacions. Disposa d’una biblioteca on es pot trobar una completa bibliografia sobre temes relatius a les comarques gironines i a la ciutat de Girona. L’Institut publica els Annals de l’Institut d’Estudis Gironins i una sèrie monogràfica sobre Girona.