Ben aviat s’ampliaren les perspectives i s’encabiren possibilitats relacionades amb altres èpoques i matèries històriques. Inicialment s’organitzà en quatre seccions: Historia de l’Església, a càrrec de José M. de Garganta; Llatí Medieval, sota la responsabilitat de Manuel Díaz; Història de les Institucions, encapçalada per Josep M. Font i Rius; Estudis Medievals, dirigida primer per Dualde i Serrano, director també de l’Institut fins a la seva mort (1955), i, després, per Antonio Ubieto. Amb el trasllat a la UV dels catedràtics José M. Jover i Joan Reglà, foren creades les seccions d’Història Moderna i Història Contemporània, dirigides per cadascun d’ells, respectivament.
Les activitats desenvolupades foren: la confecció de fitxers bibliogràfics i documentals per a l’elaboració d’una història del País Valencià, la participació en congressos internacionals, principalment els d’Estudis Pirenaics i els CHCA, i la publicació dels treballs realitzats pels seus membres i col·laboradors. Entre les obres col·lectives editades figuren: Miscelánea de Estudios Medievales, amb articles de Dualde i Serrano, Salvador Carreres i Zacarés, Francesc Sevillano i Colom, M. Desemparats Cueves i Granero, Miquel Gual i Camarena, Josep Toledo i Guirau i Francesc Roca i Traver; Fuentes de Historia Medieval, amb treballs de Baltasar Sorio, Lluís Corell i Josep Camarena i Mahiques. Dins la col·lecció “Varia” s’han publicat monografies d’alguns dels autors ja mencionats i, a més, de Pere Voltes, Àlvar Santamaria, Rafael Gallofré, Leopoldo Piles, Antoni Magraner, Joan Pere Segura i de Lago, Josep Miquel Palop i Lluís Garcia i Guijarro. Tal com s’especificava en el reglament de la IAM, la major part dels textos publicats versen sobre assumptes d’interès i caràcter local: Valencia urbana medieval a través del oficio de Mustaçaf (1957), La Guerra de Sucesión en Valencia (1964), Aportación al estudio de la Economía de Valencia, durante el siglo XV (1966), Estudio documental sobre el Bayle General de Valencia, su autoridad y jurisdicción (1970), Llinatges d’un poble valencià: Algemesí. Estudi històric i demogràfic, 1433-1850 (1975).
Després de Dualde i Serrano (1948-55), els directors han estat: Josep Camarena i Mahiques (1955-76), Antoni Mestre i Sanchis (1976-79) i Màrius Garcia i Bonafé (1979-85), que n’ocupà el càrrec fins a la integració de la IAM, i tots els seus instituts, dins la Institució Valenciana d’Estudis i Investigació (IVEI), organisme creat el 1985 mitjançant un consorci entre la Generalitat Valenciana i la Diputació de València.
- GARÍN I ORTIZ DE TARANCO, F.M.: “La pequeña historia de la Institución”, Generalitat, 9-11, 1965.
- GAVARDA CEBELLÁN, V.: Institución “Alfonso el Magnánimo”. Institució Valenciana d’Estudis i Investigació (1947-1997), Edicions Alfons el Magnànim, València 1997.
- INSTITUCIÓ ALFONS EL MAGNÀNIM: Catálogo de Publicaciones, Diputació de València, 1978.