Fou un exponent destacat de la historiografia renaixentista europea. Era fill de Miguel Zurita, metge de cambra de Ferran II i Carles I, i d’Ana de Castro. Rebé els ordes menors (1522) i, poc després, ingressà a la Universitat d’Alcalà, on adquirí una sòlida formació en llatí, però cap títol acadèmic. El 1525 fou nomenat merino de Barbastre i Almudévar i, poc després, s’incorporà a la casa de Carles I, com a patge contino. El 1537 es casà a Valladolid amb Juana García de Oliván, filla d’un secretari del Tribunal del Sant Ofici; això propicià que el nomenessin secretari de la Inquisició. El 1548 retornà a Saragossa, on fou promogut a la comptadoria general de la Inquisició a la Corona d’Aragó. El 1548 la Diputació el nomenà primer cronista oficial del Regne amb caràcter vitalici. La creació de la figura de cronista del Regne ja havia estat plantejada el 1495 per l’arquebisbe de Saragossa, Alonso d’Aragó, fill natural de Ferran, i els diputats encarregaren a Gualberto Fabricio de Vagad escriure la seva Crónica de Aragón (1499), però sense dotar-lo del títol oficial. Foren les Corts aragoneses del 1547 les que van instituir el càrrec i l’any següent la Diputació va nomenar Zurita cronista del Regne atesa «la muy grande suficiencia, habilidad y bondad del agraciado». Ja tenia experiència en l’ofici. Amb anterioritat, per encàrrec de la Inquisició, i amb permisos reials per visitar diversos arxius oficials, recopilà nombrosa documentació sobre el tribunal i preparà un recull de cèdules del temps de Ferran II i Carles I. Aquesta feina el dugué (1543) a l’Arxiu Reial de Barcelona (actual ACA) i, uns anys després, a Sicília i Nàpols. Per complir bé amb el seu càrrec, provist de nous permisos facilitats pel Consell d’Aragó i acompanyat per copistes, visità de nou l’ACA (1553), en temps de l’arxiver Antoni Viladamor, on, en una llarga estada, consultà molts registres de Cancelleria, del reial patrimoni, cartes diplomàtiques i pergamins. Treballà igualment als arxius de la Seu d’Urgell, Tarragona i València i també a l’arxiu del braç militar de Catalunya. El 1553 rebé l’encàrrec del príncep regent Felip de col·laborar en l’organització de l’arxiu del castell de Simancas, recentment creat, i de revisar la documentació oficial que diversos funcionaris de l’administració reial a la Corona d’Aragó tenien a casa, per tal de reintegrar-la als arxius oficials corresponents. Un cop rei, Felip el nomenà (1556) secretari de la seva cambra. Després ocupà alguns càrrecs municipals a Saragossa i esdevingué (1571) mestre racional de la ciutat. Al mateix temps, mantingué una abundant correspondència amb erudits i homes de lletres del seu temps, entre els quals destaca Antoni Agustín i Albanell.
L’interès pels documents originals i la seva formació llatina li foren molt útils com a cronista oficial. Havia llegit Tàcit. Estava familiaritzat amb diverses llengües, inclòs el català, tenia certs coneixements d’àrab i fou autor d’elegants cartes llatines. A Sicília conegué els textos del florentí Giovanni Villani, un dels millors historiadors humanistes, visità riques biblioteques conventuals, copià i adquirí documents i llibres diversos, afició que practicà durant la resta de la seva vida. Així, reuní un important fons documental, conegut com l’alacena de Zurita, custodiat a l’arxiu de la Diputació General del Regne, a Saragossa. Fou malmès durant els setges napoleònics i el que en quedà es conserva a l’Arxiu de la Diputació Provincial de Saragossa, a l’Arxiu Capitular de la mateixa ciutat i a un arxiu particular. El cronista llegà per testament altres col·leccions i la seva biblioteca a la cartoixa d’Aula Dei, als afores de Saragossa i, en morir, el seu fill Miguel n’incrementà el dipòsit. El 1626 aquest fons fou lliurat al comte duc d’Olivares durant la visita reial a Aragó i Catalunya. Una part del seu contingut s’ha dispersat, una altra es troba a la RAH i una bona part ingressà en El Escorial.
En una època en què sovintejaren els relats mitològics sobre els orígens de les ciutats i els regnes i en què bona part de la producció historiogràfica no mostrà gaires exigències analítiques, destacà per la seva cautela envers les explicacions fantasioses i per la ferma convicció en els documents com a fonament insubstituïble per a la reconstrucció verídica del passat.
La seva principal obra és els famosos Anales de la Corona de Aragón (1562-79) que abasten des de la invasió mahometana fins a la mort de Ferran II. Els acompa-nyà amb els Indices rerum ab Aragoniae regibus gestarum ab initiis Regni ad annum MCDX (1578) i els prorrogà amb la Historia del Rey Don Fernando el Católico. De las empresas y ligas de Italia (1580). A més, escriví unes Enmiendas e ilustraciones al itinerario de Antonino Pío, publicades el 1600 per l’erudit flamenc Andrea Schott, que visità diverses universitats espanyoles. Zurita hi exhibí els seus coneixements sobre l’antiguitat. Fou autor d’altres treballs inèdits, alguns dels quals es perderen o foren mal localitzats: unes notes als Comentarii de Juli Cèsar; unes observacions a Plini; una traducció del De consolatione de Boeci; una Descripción de la Cantabria, sobre els temps antics, on polemitzà amb el cosmògraf Santa Cruz (editat per J.M. Iglesias, 2000), i un treball sobre els reis de Portugal. Sobre temàtica aragonesa escriví igualment unes observacions a certes cròniques, entre les quals l’anomenada Del Halconero (edició moderna, 1989), una història de les unions nobiliàries medievals i, en especial, el seu Memorial de las cosas antiguas del reino de Aragón.
Compartí plenament l’opinió humanista sobre el valor de la història com a testimoni dels temps, llum de la veritat i mestra de la vida, una expressió ciceroniana molt invocada aleshores. Igual que molts altres contemporanis, imità l’estil de Tàcit, però el caracteritzà el seu intens compromís amb les fonts documentals, actitud en la qual el català Pere Miquel Carbonell (1434 – 1517) fou precursor. Això el portà, de vegades, a incloure en el text dels Anales, dels Indices o de la Historia de Don Fernando... fragments gairebé literals dels documents consultats. Les seves exposicions dels fets són precises i manté un notable distanciament narratiu. A més, en el seu afany de basar-se en informació de primera mà, en la Historia de Don Fernando... utilitzà menys les cròniques i es basà més en les fonts arxivístiques. L’objectiu últim d’aquesta obra, segons manifestà en la dedicatòria als diputats d’Aragó, fou mostrar que va ser un monarca aragonès qui culminà no solament la “restauració d’Espanya”, és a dir, la secular empresa d’expulsar els musulmans i recuperar la unitat hispanovisigoda, sinó també «el cumplimiento y asiento de la paz universal». El seu punt de vista polític i la seva ideologia no són fàcils d’establir, atesa la seva voluntat de distanciament i objectivitat. Però, en conjunt, la seva obra es caracteritza per un equilibri entre la defensa del principi reialista i la reivindicació de la forta tradició foral, tot plegat amb un sentiment aragonesista.
La seva reputació com a historiador fou excel·lent. Schott l’equiparà a Tàcit, Tit Livi i Sal·lusti, i contribuí a difondre la seva fama en cercles humanistes centreeuropeus a l’inici del s. XVII. A Aragó la seva autoritat fou repetidament invocada pels seus successors en el càrrec de cronista; la mateixa seqüència de cronistes, ininterrompuda fins el Decret de Nova Planta i l’abolició del règim foral, és un testimoni del compromís de les autoritats del Regne amb l’estudi de la història aragonesa i amb el mateix llegat de Zurita. De fet, la majoria dels successors assumiren la tasca de continuar els annals. Els seus successors immediats, Jerónimo Blancas, Jerónimo Martel i Juan Costa, escriviren sobre la figura del justícia i les coronacions dels reis aragonesos i sobre l’aixecament foral del 1591; la resta de cronistes oficials del s. XVII continuaren els annals del regnat de Carles I.
J.F. Andrés de Uztárroz i Diego José Dormer escriviren una obra singular, Progresos de la historia en el reino de Aragón y elogios a Zurita, su primer cronista. El primer la inicià i el segon la completà abundosament i la publicà (1680) en la commemoració del centenari de la mort de Zurita. Entre altres informacions i la transcripció de documents, donen notícia dels treballs inèdits de Zurita. S’hi inclou una rica recopilació de cartes, algunes de les quals contenen elogis d’erudits, com ara el del gran bibliògraf Nicolás Antonio. Influïdes per la significació del paper d’aquest autor, el 1702 les Corts de Catalunya establiren finalment el càrrec de cronista de Catalunya, ja demanat des del 1564.
La crítica historiogràfica moderna ha corroborat essencialment aquestes apreciacions respecte a Zurita: el 1953 Eduard Fueter afirmà que fou el primer que aplicà a la història antiga l’exigència de documents.
El 1933 començaren a publicar-se a Saragossa els Cuadernos de Historia J. Zurita, represos el 1954 després de la interrupció per la guerra civil. Semblantment, la Institución Fernando el Católico, organisme cultural de la Diputació Provincial de Saragossa fundat el 1943, adoptà el segell de Zurita com a imatge corporativa.