Fou conservador de la Reial Càtedra Gaudí, d’història de l’arquitectura, de l’Escola Tècnica Superior d’Arquitectura de Barcelona, de la qual fou titular des del 23 d’abril de 1968 fins a la seva jubilació. A més de ser arquitecte de la catedral de Barcelona, participà en la restauració de diversos edificis i conjunts monumentals, com el monestir de Pedralbes i el de Poblet. Publicista i president de l’Associació d’Amics de Gaudí, és membre supernumerari de la Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi (1972) i de la Reial Acadèmia de Ciències i Arts de Barcelona, on ingressà el 1977 amb el discurs “Bóvedas medievales a la Romana”.
Com a historiador de l’art, ha escrit obres de caràcter general: Los maestros de obras de Barcelona (1972), La catedral de Barcelona. Su restauración 1968-1972 (1973), Santa María de la Mar (1976), La cerámica popular de la arquitectura gótica (1978), Lluís Domènech i Montaner (1980), Història de la restauració de Poblet (1983), La Casa de la Llotja de Mar: estudi històric, crític i descriptiu (1986), Modernisme a Catalunya: arquitectura (1988), Jujol (1990) i Els treballs i les hores a la Catedral de Barcelona (1995).
Bassegoda ha destacat, sobretot, per la dedicació a l’estudi i la difusió de l’obra de Gaudí, amb treballs com: Los proyectos de Gaudí para las religiosas de Jesús María (1969), Guía de Gaudí (1970), Gaudí (1971), 50 Years of Gaudí (1977), Antoni Gaudí i Cornet (1978), La Pedrera de Gaudí (1980), L’Arquitectura de Gaudí (1982, en col·laboració amb G.R. Collins), The Designs and drawings of A. Gaudí (1983), Gaudí, arquitecte de futur (1984), Guía de Gaudí (1988), El gran Gaudí (1989), Antoni Gaudí (1992), L’Estudi de Gaudí (1996), La Cátedra de Gau- dí. Estudio analítico de su obra (1999) i Antonio Gaudí. Master Architect (Nova York 2000).
- BAYONA, E.: Primera bibliografia de Joan Bassegoda i Nonell, Càtedra Gaudí, Barcelona 1993.
- FONTBONA, F.: “Joan Bassegoda”, Butlletí de la RABASJ, Barcelona 2001.