Nascut en el si d’una família molt religiosa, el seu oncle era Albert Bonet i Marrugat, creador de la Federació de Joves Cristians de Catalunya i de la seva revista, Flama. Joan Bonet col·laborà en la revista i, juntament amb Vicenç Salvà, coordinà La paraula.Butlletí dels Dirigents. Utilitzà els pseudònims d’Anton Blajó, en un text emotiu de remembrança materna aparegut en el Calendari d’en Patufet (1925); Joan de Puigdalba, en uns escrits a la revista Acció; Jordi dels Gorcs, en els Quaderns Mensuals de la mateixa publicació, i “uns seminaristes”, en la puntualització de LaRambla. Compromès amb la vocació i els seus orígens, fou un dels promotors de la revista Apostolado Sacerdotal (1944), oberta a temes històrics, i alhora reivindicà les figures de Torras i Bages (1945) i Jacint Verdaguer (1945 i 1952), i, més tard, acceptà la presidència de la Fundació Josep Sanabre. Després de successives destinacions pastorals, es vinculà com a rector a la parròquia de Sant Isidre de l’Hospitalet (1946-76), des d’on feu imprimir l’Organ d’Apostolat Sant Isidre, més conegut com a OASI. També hi col·laborà amb articles signats amb els pseudònims de Roc, Prole, J.B., ex-párroco de Montseny, i Inquieto.
Canalitzà les seves primeres inquietuds intel·lectuals, del seminari estant, cap a l’Exercitatorium –publicació mensual d’iniciació científica i literària (1926-27)– i vers els exercicis acadèmics. Ja ordenat (1929), rebaté l’ideari del periodista Domènec de Bellmunt en el diari La Rambla (1930). La seva afecció per la història, desvetllada arran de l’assistència a unes lliçons del doctor Lluís Carreras, se centrà en les relacions entre Catalunya i la Santa Seu, l’integrisme religiós, el jansenisme i la Il·lustració i l’actuació cultural de l’Església catalana. És l’autor de l’aplec d’estudis L’Església catalana. De la Il·lustració a la Renaixença (1984) i, amb Casimir Martí, redactà L’integrisme a Catalunya. Les grans polèmiques: 1881-1888 (1990), acurada anàlisi creditora del tercer Premi Internacional Jaume Vicens Vives de ciències socials. Amic de l’historiador Josep Sanabre, recuperà “El llegat de mn. Josep Sanabre” en les pàgines de l’Avui del 24 d’abril de 1976 i s’encarregà de les “Notes biogràfiques” del volum primer de la Fundació Mossèn J. Sanabre confegit per diversos autors: Mn. Josep Sanabre Sanromà, arxiver-historiador-periodista. Biografia i recordances d’amistat (1977). També escriví Ceràmica catalana. Pietat popular (segles XV-XIX) (s. a.) i l’homilia de la festa de Sant Fèlix (editada en un tom conjunt amb P. Grases i J. Parera) titulada Una festa major de museu (1978).
En la producció de Bonet destaquen, així mateix, el proemi a les obres completes de Torras i Bages (1966, 1892) i l’epíleg a les de Jacint Verdaguer (1964, 1949), el qual, a més, motivà els volums La vocación y el sacerdocio de mosén Jacinto Verdaguer (1953) i Verdaguer. Vocació, sacerdoci, apostolat (1964).
Són nombrosos els seus articles esparsos de contingut apologètic cristià i històrics inclosos en papers com Amaos (la circular de l’Obra de la Visitació de Nostra Senyora), Acción Católica. Suplemento de las hojas parroquiales, Arbor, Ideal, Incunable, Correo literario, Analecta Sacra Tarraconensia, Cristiandad, Serra d’Or, El Correo Catalán, la secció històrica del Congrés Litúrgic de Montserrat, la Gran Enciclopèdia Catalana, el Butlletí Oficial de l’Arquebisbat de Barcelona, Tothom, la Gran Enciclopedia Rialp, el Diccionario de historia eclesiástica de España, Foc Nou, Avui, El Noticiero Universal, la Revista Catalana de Teologia i les Qüestions de Vida Cristiana. I igualment les intervencions en mitjans vilafranquins, com la col·lecció EVI o l’Olerdulae.
Tot i que la revolució del 1936 feu avortar una edició de l’epistolari de Fèlix Salvà i Sardany –perquè fou cremat el seu arxiu localitzat a la rectoria de la parròquia de Sant Joan d’Horta–, Bonet pogué refer un fons arxivístic i bibliogràfic dipositat des del 1982 a la Biblioteca Pública Episcopal de Barcelona sota l’epígraf Seminari d’Història Contemporània de l’Església a Catalunya. També cedí una copiosa col·lecció de ceràmiques antigues al Museu de Vilafranca, fet que fou recompensat amb l’adscripció com a acadèmic corresponent a la Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi de Barcelona.
- MANENT, A.: “Josep Bonet i Baltà, de la pastoral i l’apologètica a la història”, Semblances contra l’oblit. Retrats d’escriptors i de polítics, Destino, Barcelona 1990, p. 39-49.
- MANENT, A.; MASSOT I MUNTANER, J.; SOBERANAS I LLEÓ, A.J.: Contribució a la història de l’Església catalana. Homenatge a mossèn Joan Bonet i Baltà, PAM, Barcelona 1983.