Com a historiador i home de lletres, fou un romàntic imbuït d’un rigorós esperit metodològic de caràcter positivista. Centrà les seves investigacions en l’arqueologia, la numismàtica i l’Edat Mitjana de les terres gironines, amb breus incursions en l’estudi de l’època contemporània. Dugué a terme una intensa activitat amb la voluntat de col·laborar en el redreçament polític i cultural de Catalunya. L’activisme polític de Botet començà els darrers anys de la dècada de 1860-70 durant l’estada que feu a Barcelona per cloure els estudis de dret. Influït pel republicanisme i el catalanisme impregnat d’un notable component autonomista, inicià la seva trajectòria política en La Jove Catalunya (1871) i la continuà en la Unió Catalanista, per bé que la seva aportació més rellevant fou la fundació del Centre Catalanista de Gerona y sa Comarca l’any 1894, que suposà el tret de sortida del nucli constitutiu del veritable motor del catalanisme a les terres gironines.
La seva activitat institucional es concretà en l’actuació com a diputat (1882-88) i com a regidor a l’Ajuntament de Girona (1894-97). Paral·lelament, engegà una intensa tasca periodística com a instrument al servei dels seus ideals catalanistes, que es materialitzà en dues iniciatives ben remarcables: la fundació del setmanari Lo Geronès (1894), com a òrgan d’expressió del Centre Catalanista gironí, i la seva participació efectiva en la creació del diari La Renaixença, del qual fou director (1903-04).
Durant més de trenta anys fou un ferm puntal de la Comissió Provincial de Monuments de Girona i un dels membres més actius en la refundació de la Societat Econòmica d’Amics del País; donà l’embranzida inicial a la Revista de Gerona i, sobretot, fou l’ànima –juntament amb el seu amic i col·lega Enric Claudi Girbal– de la institucionalització del Museu d’Art i d’Antiguitats situat a l’antic monestir de Sant Pere de Galligants, on ocupà el càrrec de conservador (1896-1904).
La seva producció historiogràfica es concretà, quantitativament, en 12 llibres i opuscles i 86 articles en La Renaixença, la Revista Histórico-Latina, el Certamen de la Asociación Literaria de Girona, la Il·lustració Catalana, L’Avenç i, sobretot, en el BRABLB i la Revista de Gerona. També escriví nombrosos articles polítics en Lo Geronès i La Renaixença.
Botet defensà que la història havia d’aspirar a esdevenir la ciència dels fets humans, d’acord amb una seva expressió literal; tanmateix atribuí un interès extraordinari al desenvolupament de les ciències auxiliars de la història. Tot i mantenir sempre una forta presència en la historiografia catalana de l’època, la seva obra –desigual en qualitat– es ressentí de la intensa implicació de l’autor en la vida política del país.
La seva recerca més sòlida tingué per objectiu l’estudi de les monedes catalanes: Las monedas catalanas (1908-11), en tres volums, reeditada posteriorment per l’Institut d’Estudis Catalans l’any 1976. Aquesta obra significà la seva consagració en els cercles d’experts i en les societats numismàtiques de França, Itàlia i Alemanya. En aquesta mateixa línia d’interès s’inscriu la sèrie d’articles numismàtics de Botet aplegats per Miquel Crusafont i altres d’inèdits editats per aquest mateix autor en la revista Acta Numismàtica. Durant els darrers anys de la seva vida, Botet s’esmerçà a cloure dos treballs certament compendiosos que, tanmateix, restaren sense publicar: Els pesos i monedes de Catalunya i Les pallofes.
L’altre treball d’entitat fou el volum dedicat a la “Provincia de Gerona”, dins l’obra general Geografia General de Catalunya (1911), dirigida per Francesc Carreras i Candi. Aquest volum és una excel·lent compilació de l’estat del coneixement històric de les terres gironines al començament del s. XX.
Paral·lelament, Botet esdevingué també un precursor dels estudis arqueològics, sobretot gràcies a les recerques que durant més de vint anys dugué a terme al jaciment d’Empúries. Amb tot, el seu llibre entorn de la vila emporitana Noticia histórico-arqueológica de la ciudad de Emporion (1879) –premiada el 1875 per la Real Academia de la Historia de Madrid– li valgué una severa crítica des de les pàgines de la Revista de Gerona i en la Revista de Ciencias Históricas, respectivament, dels seus col·legues Celestí Pujol i Elias de Molins.
Finalment, els estudis de Botet destaquen també per la utilització que feu –a voltes excessiva, molt d’acord amb la seva orientació positivista– de documents inèdits procedents dels arxius públics i privats. El cas més evident de la seva preocupació per recuperar la documentació més antiga i transcriure-la és l’edició, l’any 1905, del Cartoral de Carles Many: Index cronologich del cartoral de la curia eclesiastica de Gerona anomenat de Carlo Magno.
Altres obres d’aquest autor són: Los Condes beneficiarios (1890), Sarcófagos romano-cristianos esculturados que se conservan en Cataluña (1895), La formació de la nacionalitat catalana (1896), Data aproximada en que’ls grechs s’establiren á Empories i estat de la cultura dels naturals del pais al realitzar-se aquell establiment (1908).
El fons personal de Joaquim Botet és actualment a l’Arxiu Històric de la Ciutat de Girona i consisteix fonamentalment en dues caixes de correspondència personal derivada de la seva activitat com a diputat provincial, així com altres de caràcter més familiar; i també a la Biblioteca Nacional de Catalunya, on es conserva relligat un volum amb la seva correspondència relativa a les consultes que dugué a terme quan redactava Las monedas catalanas.
- ALBERCH, R.; QUER, J.: Joaquim Botet i Sisó. Del catalanisme al nacionalisme, Barcelona 1998.
- CRUSAFONT, M.: Obra numismàtica esparsa i inèdita de Joaquim Botet i Sisó, Barcelona 1997.
- GRAHIT, J.: En Joaquim Botet i Sisó, Girona 1919.
- MASÓ, R.: “En Joaquim Botet i Sisó”, Diario de Gerona, 31-1-1917.
- PUIG, LL.M. DE: “Un gironí va definir la nacionalitat catalana un any abans que Prat de la Riba”, Presència, 513, 1978, p. 36-37.
- PUIGBERT, J.: “El primer catalanisme polític a Girona. El centre catalanista (1894-1899)”, El catalanisme conservador, Girona 1996, p. 55-91.
- RIERA J.: “En Joaquim Botet i Sisó”, Lo Geronès, 28-4-1906.
- VILA, P.: “Cinc cartes d’Àngel Guimerà a Botet i Sisó”, Revista de Girona, 84, 1978, p. 301-302.