Fill d’un modest fabricant barceloní, realitzà els estudis superiors a la Universitat de Barcelona (1862-68) i es llicencià en dret i filosofia i lletres. A la UB, els seus mestres foren M. Milà i Fontanals, J. Rubió i Ors i F.X. Llorens i Barba, a qui considerà la referència intel·lectual per excel·lència. Durant aquests anys universitaris feu amistat amb P. Garriga i Marill, l’introductor d’un innovador mètode taquigràfic que s’oficialitzà amb l’anomenat Sistema Garriga i la creació de la Corporación Taquigráfica del Sistema Garriga, que presidí i de la qual fou professor (1876-77); més tard ocupà la càtedra de taquigrafia a l’Institut General i Tècnic de la Diputació de Barcelona. En acabar la carrera, desenganyat per l’ambient de tensió política que envoltà els primers moments del Sexenni Democràtic, deixà la universitat i es dedicà a la carrera de dret, i arribà a exercir d’auxiliar a l’Audiència de Barcelona (1869).
El 1870 obtingué un encàrrec de professor auxiliar a la càtedra d’història d’Espanya i col·laborà assíduament amb la càtedra de llengua hebrea. La seva carrera universitària no es consolidà fins el 1881, data en què substituí el seu mestre Bergnes de las Casas, humanista que introduí els estudis clàssics a la UB, en la càtedra de llengua grega (que ocupà fins el 1901). Tot i que la seva carrera patí algunes interrupcions i que la seva obra és força dispersa i interdisciplinària, Balari fou considerat un dels pedagogs més sobresortints i apassionats de la UB. Formà part de la segona generació de professors universitaris catalans del vuit-cents que permeteren la consolidació de les modernes especialitzacions universitàries i que prepararen l’ambient per a la posterior florida universitària catalanista del noucentisme. Entre els seus deixebles més destacats sobresortiren Ll. Segalà i Estalella i, a major distància, M. de Montoliu; aquest darrer s’encarregà de publicar, entre el 1926 i el 1936 i amb el suport de la UB, una part del diccionari de la llengua catalana que Balari deixà quasi enllestit a la seva mort.
Balari escriví la Història de la Universitat de Barcelona (1897), publicada un any abans en l’Anuari de la Universitat de Barcelona. En aquesta obra exposà la idea que la UB era una universitat específicament catalana, perquè responia al potencial cultural i acadèmic que generava la dinàmica de la capital catalana; tot i això, hi retreia la dispersió medieval i les reticències de les oligarquies locals barcelonines per a acceptar una institució de procedència reial.
Balari tingué una destacada participació en el món cultural i institucional ciutadà en ràpid desenvolupament dels anys de la Restauració. Tot i oposar-se al procés de politització del catalanisme, col·laborà amb els cercles de la Renaixença. El 1875 fou mantenidor dels Jocs Florals de Barcelona, i el 1894 n’ocupà la presidència. Hi llegí el discurs preceptiu sobre el passat i el futur de la llengua catalana La llengua catalana, treball que influí en el que l’any següent realitzà Àngel Guimerà, amb el mateix títol i com a president de l’Ateneu Barcelonès; en aquell text, Balari hi defensà la idea de la inexistència d’una “raça catalana”, ja que la història demostrava que no hi hagué cap unitat ètnica en els pobladors de la Península.
Fou secretari (1882-83) i president (1893-1901) de la Reial Acadèmia de Bones Lletres de Barcelona. El 1888 ingressà a l’Acadèmia de Ciències Naturals i Arts de Barcelona; el seu discurs preceptiu d’ingrés el dedicà a l’estudi de la influència de la civilització romana a Catalunya a partir de l’anàlisi de l’ortografia i la toponímia, una de les seves principals especialitzacions. Escriví també una història d’aquesta institució científica, publicada el 1895.
Balari publicà una Historia de la taquigrafía de los griegos y los romanos (1875), en col·laboració amb Plàcid Aguiló, ajudant de la biblioteca universitària de la UB; també escriví Etimologies catalanes (1885). En el camp específic de la filologia, participà activament en la polèmica sobre el català modern i la seva fixació ortogràfica. El 1884 publicà unes normes ortogràfiques que, avalades per la seva rellevància universitària i institucional, foren acceptades per moltes institucions i personalitats catalanes, i es convertiren en una de les codificacions més influents fins a l’aparició de les normes fabrianes, a partir del 1912.
En el camp específic de la història, Balari partí de l’historicisme i del classicisme propis de la Renaixença i hi introduí els punts de vista i els mètodes del positivisme; ell mateix formà part de la generació que incorporà aquest corrent a Catalunya. Així, els seus primers treballs històrics els publicà en la Revista Histórica Latina, que animaven els seus companys de generació positivista J. Coroleu i J. Pella i Forgas, d’igual sensibilitat catalanista però oposats a la politització del corrent.
Com a historiador, fou fidel a la voluntat positivista, i destacà per la publicació de textos inèdits catalans medievals. La seva obra històrica més rellevant és Orígenes históricos de Cataluña, que rebé el premi Martorell de l’any 1897. La recerca documental que havia de sustentar aquesta gran obra (arxius de la catedral de Barcelona, Arxiu Municipal, de la Junta de Comerç i de la Corona d’Aragó) la començà el 1876 i la continuà després de la publicació d’aquest primer volum (que quedà com a únic, tot i la seva voluntat de continuar-lo), l’any 1899. En aquest treball, Balari realitzà una anàlisi sistemàtica dels fons documentals relatius a l’època comtal de Barcelona (del s. IX al XII). Sobre la base d’un exhaustiu estudi de la toponímia, hi analitzà el ritme de la Reconquesta, del despoblament i del posterior procés d’ocupació que donà origen al feudalisme català. En aquest estudi Balari no s’aturà en els aspectes polítics i institucionals habituals dels treballs positivistes, sinó que hi introduí d’altres relacionats amb la vida material i, fins i tot, amb la vida quotidiana.
- CASASSAS YMBERT, J.: “A propòsit de la ‘Història de la Universitat de Barcelona’ de J. Balari i Jovany” a d. a., Història de la Universitat de Barcelona, UB, 1990, p. 629-638.
- RUBIÓ I LLUCH, A.: La escuela histórica catalana, Barcelona 1913.
- SEGALÁ ESTALELLA, L.: El doctor Joseph Balari i Jovany, Impr. de la Casa Provincial de la Caritat, Barcelona 1916.