Fill del ciutadà honrat Francesc Taverner i Rubí, conseller en cap de la ciutat, i germà d’Oleguer, noble i erudit. Estudià al Col·legi de Cordelles i fou canonge i tresorer de la catedral de Barcelona. Fou nomenat jutge del Breu apostòlic per delegació del seu oncle, Miquel Joan de Taverner i de Rubí, bisbe de Girona i fins el 1702 canceller reial a Catalunya. Fou un dels membres fundadors de l’Acadèmia dels Desconfiats (vg. Reial Acadèmia de Bones Lletres de Barcelona), que es reunia des del 1700. En una de les sessions hi llegí una defensa de la primacia de la seu de Tarragona. A diferència de la major part dels seus col·legues d’Acadèmia, el 1705 seguí la causa de Felip V, com feu tota la seva família, i es retirà a Perpinyà. Allí efectuà diverses recerques historiogràfiques pels comtats. Gràcies a les connexions establertes amb les autoritats franceses, entre el 1715 i el 1720 aconseguí una còpia de la Crònica de Pujades, conservada a la Biblioteca Reial de París, i l’anotà. Quan el seu oncle fou promogut a l’arquebisbat de Tarragona, el 1720, Josep de Taverner el succeí a la seu de Girona (1720-26). Abans també fou bisbe electe de Solsona (1718-20).
Fruit de les recerques fetes durant el seu exili, deixà un conjunt de treballs històrics –datats el 1710 i relacionats entre ells–. Es tracta d’una obra històrica sobre els comtes de Rosselló, Empúries i Peralada, que comprèn un arbre genealògic, un tractat històric dels vescomtes del Rosselló i una dissertació històrica dels comtats de Rosselló, Conflent i Vallespir, així com un compendi històric dels monestirs i esglésies dels esmentats comtats, incloent l’església de Sant Joan de Perpinyà. A la seva mort, llegà la seva documentació històrica al seu germà Francesc, abat de la col·legiata de sant Feliu de Girona, el qual permeté que en tragués una còpia el botiguer i acadèmic Pere Serra i Postius. Aquesta obra constitueix avui el manuscrit 535 de la BUB. El segon comte de Darnius, Oleguer de Taverner i d’Ardena, cavaller de l’orde de Sant Joan (mort el 1727), elaborà una interessant col·lecció de mapes de Catalunya, elaborats amb finalitat militar i dedicats a Felip V, i reuní una bona col·lecció heràldica, avui a l’ACA, que és coneguda com el Nobiliari del comte de Darnius. El quart comte, Bernardí Lluís de Taverner, ingressà en la Reial Acadèmia de Bones Lletres per mantenir la tradició familiar i hi llegí (1757) una dissertació sobre els comtes de Rosselló i d’Empúries, que òbviament era l’obra del seu oncle.