Fou especialista en història eclesiàstica i història de la comarca dels Ports de Morella. Signà alguns articles en la revista Vallivana amb el pseudònim L’Ermità. Ingressà (1922) al Seminari de Tortosa, on aviat es decantà per la investigació històrica. Publicà els seus primers treballs abans dels vint anys (Notas para la historia del Lligalló de Morella, 1927). Ordenat de sacerdot (1933), inicialment exercí les seves funcions pastorals a la comarca dels Ports: a Palanques (1933-35) i al Forcall (1935-52; des del 1939 com a arxipreste), on s’amagà durant la guerra civil. Després, passà a ser ecònom del Perelló (Baix Ebre, 1952-55) i, finalment, capellà de l’asil d’ancians de Vinaròs (Baix Maestrat, 1955-81). Un cop jubilat, es traslladà novament a Morella.
Entre el 1928 i el 1935 desenvolupà una important activitat investigadora, amb un creixent interès per la història de l’art (Exposición morellana de arte) i per l’inventari monumental de la diòcesi de Tortosa (1933-35). Els seus estudis sobre l’art morellà, sobretot l’orfebreria, culminaren amb “El punzón de orfebrería morellana 1320-1910” (1968) en Martínez Ferrando, archivero. Miscelánea de estudios dedicados a su memoria por la Asociación Nacional de Bibliotecarios, Archiveros y Arqueólogos (1968). La seva producció científica decaigué durant els anys posteriors a la guerra, en què centrà la seva activitat en la recuperació del patrimoni perdut. A Castelló fou apoderat del Servicio de Defensa del Patrimonio Histórico-Artístico (1940-53). Tot i això, continuà publicant treballs sobre Morella i la seva comarca –amb una atenció particular pel Forcall– no sols d’història, sinó també sobre aspectes etnogràfics, de folklore, religiositat, etc.
Ben relacionat políticament, a partir del final dels anys quaranta començaren a arribar-li els títols i reconeixements: acadèmic de l’Acadèmia de Belles Arts de Sant Carles, a València (1948); director corresponent del Centre de Cultura Valenciana (1951); acadèmic corresponent de la Reial Acadèmia de Bones Lletres de Barcelona (1962), substitut de Lluís Revest i Corzo a la Real Academia de la Historia (1963) i director (1958-65) del Centre d’Estudis del Maestrat, amb seu al convent de Sant Francesc de Morella. A Vinaròs fundà (1957) i dirigí el setmanari Vinaroz, i, a més, fou nomenat arxiver municipal (1956) i cronista oficial (1958) d’aquesta localitat.
A partir del 1963 s’incorporà a l’equip investigador de l’Instituto Español de Estudios Eclesiásticos de Roma (Obra Pia de Montserrat i Santiago), de manera que, durant gairebé vint anys, fins a l’inici dels vuitanta, alternà la seva residència entre Roma, Vinaròs i Morella. Aprofitant aquestes estades investigà sobre els fons de l’Arxiu Vaticà de Roma i de l’Arxiu Datini de Prato (Toscana). En el primer investigà sobre història eclesiàstica de la comarca dels Ports i també del conjunt de l’Estat espanyol. Destaca el seu treball sobre el fons “Instrumenta Miscellanea” (1963-67), que conclogué amb la publicació d’El fondo Instrumenta Miscellanea del Archivo Vaticano. Documentos referentes a España (853-1782) (1969), on presentà 963 documents de procedència i contingut ben diferent sobre diversos aspectes de la història eclesiàstica espanyola des del s. ix fins al XVIII, i també una petita aportació sobre documentació valenciana en el VIII Congrés d’Història de la Corona d’Aragó. L’altra sèrie important de l’Arxiu Vaticà que estudià foren les Lettere di principi (s.XVI). Des del 1969 preparà la catalogació, transcripció i estudi d’un miler de documents d’aquest fons, que deixà llest per a la impremta (1986), però que restà inèdit.
L’altra línia d’investigació se centrà en l’Arxiu Datini de Prato, on, durant les seves estades anuals (1963-78), acumulà fitxes sobre la relació comercial entre el mercader toscà Francesco di Marco Datini i les terres morellanes, el Maestrat i la zona de Tortosa. Tanmateix, com en molts altres casos, només elaborà una mínima part d’aquest material, que veié la llum en la comunicació “Contacto mercantil de Morella y sus aldeas con el mercader toscano Francesco di Marco Datini, de Prato (1393-1410)”, presentada en el Primer Congrés d’Història del País Valencià (1971; publicada el 1981), on analitzà les relacions entre Itàlia i la zona septentrional valenciana, no tan sols econòmiques, sinó també culturals, artístiques, religioses, humanes, etc.
Finalment, l’últim gran tema central de la seva variada producció historiogràfica fou l’estudi del cisma d’Occident i la figura de Benet XIII, tractat en nombroses aportacions parcials des de la meitat dels anys seixanta fins a la seva mort. Com en altres casos, manca l’estudi definitiu i exhaustiu, malgrat els nombrosos fitxers que aconseguí reunir; només publicà aportacions parcials sobre diversos personatges de la cort del papa Luna.
El seu fons personal, on destaquen les innombrables fitxes que deixà sobre treballs iniciats i mai no conclosos, és avui propietat de la seva família i està dividit entre Morella, Vinaròs i Barcelona. La Diputació de Castelló ha aplegat 55 articles de temàtica històrica en Homenaje a Mosén Milián (1987-88, 2 vol.), publicats en diverses revistes entre el 1927 i el 1988.
- d. a.: Miscel·lània dedicada a la memòria de Mossèn Manuel Milián Boix (Morella, 1908-1989), Amics de Morella i comarca, 1991.
- MILIAN MESTRE, M.: “Aproximación a una biografía necesaria: Manuel Milián Boix, vida y empeño de un investigador”, Homenaje a Mosén Milián, vol. I, Diputació de Castelló, 1987, p. 9-88.
- MONFERRER GUARDIOLA, R.: “Bibliografia de Manuel Milian Boix, pbro.” a Homenaje a Mosén Milian, vol. I, Diputació de Castelló, 1987, p. 95-116.