Se subtitula Revista d’història moderna. El plantejament inicial, però, participà més de la iconoclàstia dels idealistes que de la consuetud dels professionals. En primer lloc, l’objectiu de la revista fou atenuar l’extraordinari buit historiogràfic que patia la recerca històrica dels s. XVI, XVII i XVIII a Catalunya; en segon lloc, es proposà seguir el tortuós camí de la història compromesa amb el present, el futur i els explotats; en tercer lloc, projectà fórmules renovades d’interconnexió entre la investigació històrica, l’ensenyament de la història a tots els nivells i la societat; i, finalment, expressà la seva intenció d’erigir-se en tribuna plural, tant per als novicis com per als mestres, on no es fes crítica de conveniència. Aquests principis combatius marcaren la revista durant els tres primers números, en què els articles i els estudis d’investigació anaren acompanyats de notícies i breus sobre col·loquis, sobre el moviment estudiantil a la UAB o sobre els treballs de curs dels alumnes d’història moderna. A partir dels números 4/5, la tribuna informativa es deprecià i la revista esdevingué més “professional”, guanyà en presentació i en la qualitat dels seus articles. Malgrat tot, fins al número 16, un grup de professors, becaris i estudiants s’encarregà directament de l’edició de la revista. Amb el número 17, traspassà la tasca d’edició al Servei de Publicacions de la Universitat Autònoma.
Durant els tres primers anys, Manuscrits fou una publicació bianual i, d’aleshores ençà, anual. Entre els anys 1985-2000 han sortit 18 números en 17 volums, ja que els números 4/5 formen part d’un mateix tom. Aquests 18 números contenen en total 215 articles, al marge d’entrevistes i transcripcions de taules rodones. Els idiomes de la revista han estat el català i el castellà. Excepte els números 1 i 3, la revista s’ha organitzat a l’entorn d’un o més dossiers o debats sobre temes d’actualitat historiogràfica. Així, el número 2 transcriu un debat sobre la història de les mentalitats; el 4/5, sobre la transició del feudalisme al capitalisme; el 6, sobre la cultura popular; el 7, sobre el comerç americà al s. XVIII; el 8, sobre la Revolució Francesa; el 9, sobre la revolta del 1640; el 10, sobre el món jueu; l’11, sobre Catalunya al s. XVII; el 12, sobre mites i nacionalisme; el 13, sobre els fonaments de l’estat modern; el 14 acull tres dossiers, un sobre la història social a Espanya a partir de l’obra de D. Antonio Domínguez Ortiz, un altre sobre la historiografia francesa i Braudel i, el tercer, sobre llibre i elits a l’Antic Règim; al 15 hi ha dos dossiers, un sobre Catalunya i Espanya a l’època moderna, en homenatge a l’hispanista J.H. Elliott, i un altre sobre la ciutat moderna; el 16 incorpora un dossier sobre Felip II; el 17, dos dossiers, un sobre la Inquisició i la confessionalitat i un altre sobre pensament polític a la Corona d’Aragó; i, finalment, el 18, un dossier sobre el canvi dinàstic i polític de la monarquia dels Àustria a la dels Borbó.
Han col·laborat a Manuscrits els més notables historiadors especialistes en història moderna de Catalunya i de l’Estat espanyol. Al marge de les destacades aportacions dels components de la revista hi han publicat treballs historiadors de la talla de Josep Fontana, Núria Sales, Montserrat Duran, Josep M. Delgado, Carlos Martínez, Fernando Bouza, Antonio García-Baquero, M. Victoria López-Cordón, Luis Ribot, Joan Lluís Palos, Jaime Contreras, Felipe Ruiz, Pere Moles, Ernest Belenguer, Josep M. Oliva, Jaume Torras, José Ignacio Atienza i Joaquim Albareda, entre d’altres. Al mateix temps, s’ha de subratllar l’alt percentatge de contribucions estrangeres –un 20%–, encara que no és només la quantitat sinó, sobretot, la qualitat de les firmes el que ha fet que Manuscrits sigui una publicació de referència dins el panorama de la història moderna a Catalunya i a l’Estat espanyol. Al llarg dels 18 números de la revista, es poden trobar articles de James S. Amelang, Peter Kriedte, Jean Louis Flandrin, Gustav Henningsen, Bruno Anatra, James Casey, Bernard Vinent, Rafael Carrasco, Jean-Pierre Dedieu, Giovanni Levi, Roger Chartier, Carlo Ginzburg, Manfred Kossok, Alberto Tenenti, Carlos Antonio Aguirre, François Dosse, Bernard Lepetit, Pierre Vilar, J.H. Elliott, Jan de Vries, David R. Ringrose, Henry Kamen, Richard L. Kagan, Giuseppe Ricuperati i Adriano Prosperi.
Les dades estadístiques referents a la temàtica, la cronologia i l’àmbit geogràfic dels articles poden donar una idea general del contingut de la revista. Quant a la temàtica, el 28% tracta d’història política i institucional, el 23%, d’història social, el 14%, d’historiografia, el 13%, d’història econòmica, el 12%, d’història cultural, el 4%, d’història de les mentalitats, un altre 4%, de demografia històrica i la resta, un 2%, són contribucions sobre arxivística i didàctica. En l’àmbit cronològic, es posa més atenció a l’Alta Edat Moderna que a la Baixa Edat Moderna.
Paral·lelament a la revista, Manuscrits publica una sèrie de monografies. La seva aparició és irregular i, fins ara, se n’han publicat cinc: d. a.: La cultura del Renaixement. Homenatge al pare Miquel Batllori (1993), A. Simon: La població catalana a l’edat moderna (1996), d. a.: Diez años de historiografía modernista (1997), J. Antón Pelayo: La herencia cultural. Alfabetización y lectura en la ciudad de Girona (1747-1807) (1998) i A. Espino: Catalunya durante el reinado de Carlos II (1999).