Se situà a Dalt Vila, en dos edificis cedits per l’Ajuntament d’Eivissa que corresponien a l’antiga universitat i a la capella del Salvador. El 2001, després de diverses remodelacions, continua ocupant aquests espais i ha incorporat (1979) l’antic baluard de Santa Tecla. De caràcter eminentment arqueològic, inclou materials procedents de les illes d’Eivissa i Formentera que cronològicament abracen des de la prehistòria a l’època islàmica. Destaquen les col·leccions d’art púnic, en especial les de motlles, terracuites, ous d’estruç i ceràmica. El 1968 s’inaugurà el Museu Monogràfic del Puig des Molins, també a la ciutat d’Eivissa. Aquest museu, vinculat al Museu Arqueològic d’Eivissa i Formentera, acull exclusivament els materials de la necròpoli púnica del Puig des Molins, una de les més importants d’Europa Occidental. N’han estat directors, entre d’altres, Rafael Vidal Garcia (1907-11), Carles Roman Ferrer (1911-39), José María Mañá de Angulo (1944-65) i Jordi H. Fernández Gómez (des del 1974). Organitza, amb periodicitat anual, les Jornades d’Arqueologia Fenícia i Púnica (des del 1986), i publica les actes d’aquestes jornades i una col·lecció de monografies, els “Treballs del Museu Arqueològic d’Eivissa i Formentera”, amb 46 llibres editats entre el 1979 i el 2001.