La seu central és situada a l’edifici de ca la Gran Cristiana, de Palma, on, des del 1976 hi ha instal·lades les seccions d’art gòtic, arqueologia d’època islàmica i mudèjar i de les arts industrials dels s. XIII al XVIII. També disposa d’una interessant col·lecció modernista situada a les sales d’art dels s. XIX i XX, que foren remodelades el 1995. El 2000 s’obriren al públic les sales de prehistòria de Mallorca, i el 2001 s’inicià la instal·lació de la secció d’arqueologia protohistòrica, clàssica i de l’antiguitat tardana. A Muro, des del 1965, hi ha la secció d’etnologia i oficis artesans. Així mateix, el 1987 fou inaugurat a Alcúdia el Museu Monogràfic de Pollentia, vora les excavacions de la ciutat romana. El seu fons procedeix de les recol·leccions del s. XIX, de la incorporació del material de la Societat Arqueològica Lul·liana i, sobretot, de les excavacions fetes entre els anys 1961 i 1987. El 1983 la gestió del Museu de Mallorca fou transferida a la Comunitat Autònoma de les Illes Balears. En fou director des de la seva fundació fins al 2002 l’historiador i arqueòleg Guillem Rosselló i Bordoy. Ocupa aquest càrrec des de la tardor del 2002 la historiadora de l’art Joana Maria Palou Sampol. Aquesta institució ha desenvolupat una important tasca investigadora, que s’ha concretat en una quarantena de campanyes d’excavacions i en l’organització d’un taller de restauració de béns arqueològics. Disposa d’un gabinet de reproduccions volumètriques (1999) i d’un gabinet didàctic (2000). Publica les col·leccions “Trabajos del Museo de Mallorca”, de monografies de petit format (des del 1967, 58 números apareguts); “Quaderns de ca la Gran Cristiana”, de monografies en llengua catalana (des del 1982, 13 números apareguts), i “Llum d’Encruia. Estudis d’Etnologia” (des del 1984, 5 números apareguts).