Creat el 1962, nasqué per iniciativa de l’Institut d’Estudis Gironins i sota la protecció de la Diputació de Girona, l’àmbit territorial al qual s’ha circumscrit sempre. En la seva fundació hi tingué un paper rellevant l’aleshores ponent de Cultura de la Diputació, Ramon Guardiola, i s’assumiren les conclusions de la I Asamblea de Instituciones Culturales de las Diputaciones Provinciales (Saragossa 1962). El PFE aprovà els primers estatuts el 1963 i el reglament, el 1966. S’hi incorporaren en aquesta primera etapa el Patronat d’Estudis Històrics d’Olot, el Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles, l’Institut d’Estudis Gironins, l’Institut d’Estudis Empordanesos i els Amics de Besalú i el seu comtat. En una segona etapa s’hi integraren l’Associació Arqueològica de Girona, l’Institut d’Estudis Ceretans, el Centre d’Estudis del Ripollès i l’Institut d’Estudis del Baix Empordà. El 1982 el PFE reformà el reglament intern i la Generalitat de Catalunya, amb Max Cahner com a conseller de Cultura, s’incorporà als òrgans rectors i aportà una part de les seves fonts de finançament. El 1983 s’hi adscriví el Centre d’Estudis Selvatans i, el 1992, el Cercle d’Estudis Històrics i Socials de Girona.
El 1993 el PFE organitzà a Girona la 3a Trobada de centres d’estudis locals del Llenguadoc-Rosselló, Cerdanya, Andorra i Girona; aquesta trobada consolidà les relacions amb les societats de la Catalunya del Nord, amb les quals s’ha anat perfilant el projecte d’una entitat transfronterera estable per la difusió d’activitats i estudis. El 1996 visqué una profunda refundació sota la figura legal d’organisme autònom local i es plantejà un seguit d’iniciatives de revitalització i servei a la comunitat investigadora (suport a les edicions i publicacions, les activitats culturals, beques, cursos d’estiu, adaptació de noves tecnologies i promoció de la cultura de les terres gironines). El president de l’entitat és el president de la Diputació de Girona. El PFE promou alhora les relacions entre els centres i els investigadors que formen part del Patronat i les d’aquests amb altres institucions acadèmiques, científiques i culturals afins.