Fou el primer que s’ocupà de prehistòria paleolítica a Catalunya, i el descobridor de la mandíbula neandertaliana de Banyoles (1887). Investigà i escriví sobre història natural, sobre la seva prolongació, la història, i la prehistòria, que ell veia com el nexe d’unió entre les dues. La seva única especialització fou local: s’ocupà sobretot de la vila de Banyoles i la seva comarca, el Pla de l’Estany, i especialment del poble de Serinyà. Tenia una gran capacitat d’observació de la naturalesa, i amb el mateix rigor, acudí a la documentació històrica o se serví de les dades arqueològiques, cosa que li permeté la seva formació de naturalista i un gran domini del llatí. Gràcies a això, malgrat que fou un historiador encara romàntic i un naturalista catastrofista que no veié contradicció entre la ciència i el llibre del Gènesi i que no acceptà el darwinisme, la seva obra és innovadora i moderna en molts aspectes. Farmacèutic de professió, regentà tota la vida la farmàcia familiar de can Fina. Fou un home immers en la vida política, social i cultural de la Banyoles del seu temps, defensant sempre la legalitat i l’ordre. Fou tinent d’alcalde de Banyoles, president de la Junta de Primers Auxilis el 1885 durant l’epidèmia de còlera morbus, un dels davanters de les conferències de Sant Vicenç de Paül, fundador de l’Asil de Banyoles, president de l’Associació Literària de Girona, soci correspondent de la Real Academia de la Historia i un dels signants de l’escrit lliurat a la reina regent Maria Cristina d’Habsburg quan visità Barcelona el 1888. Establí amistat, entre altres, amb Jacint Verdaguer, Fidel Fita, Xavier Butinyà i Joaquim Botet i Sisó, de la relació amb els quals es conserva correspondència.
Com a historiador, escriví tant en català com en castellà, i es manifestà encara romàntic però amb un sentit crític despert i en algun aspecte positivista. Fou el primer historiador modern de Banyoles; la seva obra històrica més important és Ensaig históric sobre la vila de Banyolas (1972, 1881, 1895). Escriví sobre esglésies i monestirs de la seva ciutat i comarca, sobre història local, esdeveniments i fenòmens del seu temps, i té algunes obres més ambicioses, que inclouen la província (Nomenclátor geográfico-histórico de la provincia de Gerona desde la remota antigüedad hasta el siglo XV, 1883) o el bisbat (Estudis geogràfichs sobre’l Bisbat de Gerona durant l’edat mitjana,1873). Com a naturalista s’ocupà de la geologia de la seva comarca i província des d’una mentalitat creacionista. Descriví períodes estables que desapareixien sobtadament per a donar naixença a una nova època. Acceptà la gran antiguitat de l’home i mantingué contactes amb prehistoriadors francesos, especialment amb Édouard Harlé. Conegué les principals obres de prehistòria del seu temps i fou el primer a ocupar-se d’aquesta disciplina a Catalunya. Fou també el primer que excavà i interpretà correctament un jaciment paleolític a Catalunya: la Bora Gran d’En Carreras o cova de Serinyà, de la qual classificà correctament la fauna quaternària. Com a prehistoriador, cal destacar les obres Quadro paleoetnológico de la provincia de Gerona (1884) i Serinyá. Reseña histórica de este pueblo (1895). El seu interès pels fòssils del travertí de l’estany de Banyoles donà fruit el 1887 quan reconegué la importància de la mandíbula humana que li lliurà Llorenç Roura. Per tot això, P. Bosch i Gimpera l’anomenà “pare de la prehistòria catalana”.
Pere Alsius aplegà a la seva farmàcia una col·lecció d’antiguitats i curiositats en què destacaven les troballes prehistòriques d’indústria lítica i òssia d’època magdaleniana de les seves excavacions a la Bora Gran i les d’època protohistòrica de la cova dels Encantats de Serinyà. La col·lecció Alsius era mostrada als científics interessats que anaven a casa seva. No dubtà a deixar la mandíbula a H. Obermaier i E. Hernández Pacheco perquè fos estudiada i publicada a Madrid (La mandíbula neandertaloide de Bañolas, 1915). La seva col·lecció, amb la biblioteca, ha estat lliurada per la família al Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles i una part s’exposa al Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles.
Entre la seva bibliografia també cal destacar: “L’estany de Banyolas” (1871), “Breu ensaig geológic de la conca de Banyolas” (1871 i 1872), “Estudios geológicos sobre la región central de la provincia de Gerona” (1878, 1879), “Reseña histórico descriptiva de la gloriosa imagen de Nuestra Señora del Mont” (1880), “Serinyà y Caldas de Malavella” (1882), “Quadro paleoetnológico de la provincia de Gerona” (1884), “Serinyá. Reseña histórica de este pueblo desde la más remota antigüedad hasta los tiempos modernos” (1895), i El Magdalenense en la provincia de Gerona, obra inèdita publicada en part amb el títol “El Magdalénico en la provincia de Gerona” (1907 i 1908). El capítol XXII, “De la barra humana descoberta anys enrera a Banyoles”, es publicà al Butlletí de la Institució Catalana d’Història Natural (1915); amb C. Pujol i Camps: “Nomenclàtor geográfico histórico de la provincia de Gerona” (1883); amb J. Hostench: Centenari de la Guerra de la Independencia. Homenatge al Dr. Rovira y demés fills de Banyolas y Comarca que’s sacrificaren per la Patria (1909).
Lectures
- SOLER, N.: “Bibliografía de Pere Alsius i Torrent”, Homenatge Pere Alsius i Torrent. Centenari del descobriment de la mandíbula de Banyoles 1887-1987, Quaderns 1986-1987, Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles, 1987.
- GARCÍA, A.; GRABULEDA, J.; REVERTER, M.A: “Pere Alsius historiador”, Homenatge Pere Alsius i Torrent...
- COROMINAS, J.M.: “Personalitat del Prehistoriador banyolí Pere Alsius i Torrent”, Revista de Girona, 75-77, Diputació de Girona, 1976.
- AYARZAGÜENA, M.: “Pere Alsius y Torrent, prehistoria-dor”, Espacio, Tiempo y Forma. Prehistoria, Serie I, 2, Madrid 1989.