És autor del Llibre d’algunes coses assenyalades (1583), redactat quan era un jove escrivent a les ordres de Francesc Vilar, escrivà del racional de Barcelona.
L’obra de Comes s’inicià amb una història del conseller en cap Joan Fiveller, i el dietari pròpiament dit és dividit en quatre llibres. El primer comprèn del 1423 al 1462, i tracta dels fets ocorreguts des de la mort de Martí I, el regnat d’Alfons IV, la seva conquesta de Nàpols i l’enfrontament amb Gènova (amb moltes referències a qüestions militars, com l’usatge Princeps namque, la mà armada i la formació de forces navals per a combatre els corsaris). El llibre segon s’inicia amb la guerra civil (1462-72) contra Joan II, relata l’expulsió dels francesos del Rosselló i el regnat dels Reis Catòlics (els remences, la guerra de Granada i l’expulsió dels jueus), però no conté cap referència al descobriment de les noves terres per Colom. El llibre acaba l’any 1519. El tercer volum comença amb l’entrada de Carles I a Barcelona (1519), explica la seva elecció com a emperador, la derrota i presó de Francesc I de França a Pavia (1525) i la presa de Tunis el 1535, però no parla de la derrota a Alger (1541). Com en els llibres precedents, les mesures militars del moment –contra França al Rosselló i contra les armades de turcs i pirates barbarescs– tenen molt de ressò. El darrer llibre s’inicia amb l’entrada de Felip II a Barcelona (1564) i acaba el 1582, sense destacar gaire la victòria de Lepant (1571).
L’obra li reportà una condemna a presó, l’any 1584, per divulgar documents municipals secrets (les deliberacions del Consell de Cent del període 1423-1579), amb la qual hom intentava evitar que fugís a Castella. El llibre de Comes fou confiscat, i no fou publicat fins el 1878, per J. Puiggarí. Se’n conserven còpies a l’Arxiu Municipal de Barcelona i a la Biblioteca de Catalunya.
Després d’aquest afer, Comes marxà a Roma al servei d’Antoni de Cardona-Anglesola, ambaixador de Felip II, on obtingué, no sense oposició, una canongia de Santa Anna de Barcelona (1596). Novament a Catalunya, visqué dedicat al seu treball a l’arxiu i deixà diversos manuscrits, com Institutiones seu Lucerna i Lucerna Fundationum, a més de diverses biografies dels canonges fundadors i una crònica del seu procés de secularització titulada Llibre del Nord de la present església de Santa Anna dit de la Llança (1609).