Els seus inicis es troben en les tertúlies de cavallers, eclesiàstics i ciutadans fetes (1700) al palau de Pau Ignasi de Dalmases (historiador i cronista), al carrer de Montcada. Els participants d’aquestes reunions prengueren el nom d’Acadèmia dels Desconfiats (o Desconfiada), i la divisa llatina de “tuta quia difidens”. Durant la guerra de Successió, la major part dels “desconfiats” foren austriacistes; també n’hi hagué de borbònics, com el canonge de Barcelona Josep de Taverner i d’Ardena, que realitzà interessants recerques històriques durant el seu exili a França. Possiblement, l’Acadèmia ja havia deixat de reunir-se abans del 1705 i la guerra en dispersà els integrants. Durant la dècada del 1720 les tertúlies erudites es revifaren sota l’impuls de dues de les famílies fundadores: Dalmases i Boixadors. A partir del 1729 ambdues tertúlies es fusionaren en una Acadèmia sense nom, que cercà la protecció del capità general, marquès de Risbourg. En la primera sessió, el doctor Segismon Comas, antic catedràtic de la Universitat de Barcelona, declarà que la principal finalitat de la corporació era redactar una història de Catalunya. L’Acadèmia es marcà dos projectes col·lectius: la formació d’un diccionari històric de Catalunya i l’elaboració d’un epítom de la Crònica de Jeroni Pujades, que havia estat copiada per encàrrec de Taverner a partir de recerques anteriors de Dalmases. En aquest primer període de la vida corporativa els temes històrics abundaren en les comunicacions dels acadèmics, incloent-hi qüestions de metodologia. Un dels fundadors de la nova Acadèmia, i una persona molt interessada en la historiografia, fou Josep Francesc de Móra i Catà, marquès de Llo, que gestionà l’obtenció del títol de la RABLB i l’aprovació d’uns estatuts, prèvia consulta amb la RAH de Madrid (1752). El marquès en fou elegit president (1752-62) i se li encarregà l’elaboració d’un esquema metodològic previ a la redacció de la història de Catalunya. En diferents sessions acadèmiques donà alguns avenços de la seva obra sobre diplomàtica, epigrafia i numismàtica i publicà una primera part del seu tractat, amb el títol Observaciones sobre los principios fundamentales de la Historia (1756). L’obra es publicà en les Memorias de la RABLB, juntament amb la reial cèdula fundacional i un resum de la història de l’Acadèmia. El marquès de Llo hi desenvolupava un tractament força acurat de paleografia i diplomàtica, i el tractat fou ben rebut en general per la comunitat d’historiadors, tot i que s’hi assenyalaren defectes i fins i tot puerilitats, tant per erudits de l’època (el jurista Josep Finestres) com per historiadors del s. XX (Ferran Soldevila). Móra morí (1762) sense haver publicat la segona i tercera parts de la seva obra, centrades en la numismàtica i la sigil·lografia, amb una interessant col·lecció de segells de l’ACA. Després de la seva mort, l’Acadèmia perdé embranzida. Cap dels seus projectes historiogràfics col·lectius no es dugué a terme i la resta de l’obra del marquès no es publicà fins el 1868, dins el segon volum de les Memorias de la RABLB; lògicament, aleshores ja havia perdut tot l’interès d’actualitat històrica i, més aviat, constituí un exemple de la historiografia del segle precedent.
La historiografia catalana de la Il·lustració és ben representada a l’Acadèmia per tres historiadors importants: el monjo Jaume Caresmar, el jesuïta Joan Francesc de Masdéu i el cavaller Antoni de Capmany. Caresmar (acadèmic el 1750) participà en la vida de la institució i forní materials al marquès de Llo per a l’elaboració de la seva obra, tot i que treballà principalment al monestir de Bellpuig de les Avellanes. Masdéu fou un jesuïta expulsat, que no fou admès a l’Acadèmia fins el 1793, quan ja havia desenvolupat una important tasca investigadora a Itàlia. Pel que fa a Capmany (acadèmic el 1781), bona part de la seva trajectòria cultural transcorregué a Madrid, com a acadèmic de la RAH, i la seva gran obra sobre la història econòmica de Barcelona l’escriví sota patrocini de la Junta de Comerç de Barcelona (1779). Capmany havia estat nomenat acadèmic a proposta de Josep de Vega i de Sentmenat (1754 – 1831), cavaller de Cervera i regidor de Barcelona (acadèmic el 1772), gran recopilador de notícies històriques i de tradicions populars (base de l’anomenat cançoner Vega-Agulló), malgrat que no deixà una obra sistemàtica escrita. Algunes de les seves comunicacions a l’Acadèmia constituïren un primer assaig interpretatiu de la literatura dels trobadors, o com es deia en l’època, la “gaia ciència”. Se li havia encomanat també l’elaboració d’un esquema de la famosa història de Catalunya que l’Acadèmia no reeixí a redactar mai.
La pertinença dels historiadors a l’Acadèmia permet anar seguint el desenvolupament de la historiografia catalana durant els s. XIX i XX. El Trienni Liberal suposà l’ingrés d’una nova generació, trenta-nou membres nous, la major part joves d’idees avançades influïts per l’esperit de la Renaixença, sota la presidència de Pròsper de Bofarull, director de l’ACA. Suspesa (1823) per la reacció absolutista, fou restablerta altra vegada sota la direcció de Bofarull (1833-34), que exercí la presidència encara dues vegades més (1837-39 i 1843-59) i fou l’iniciador d’una veritable nissaga d’acadèmics, de la qual formaren part Manuel de Bofarull i de Sartorio (1844), Antoni de Bofarull i de Brocà (1852), organitzador i catalogador de l’arxiu i la biblioteca, i Francesc de Bofarull i Sans (1883). També destacà la tasca arqueològica de Josep Marià Cabanes i Escofet vers el 1820, acadèmic (1816) i alcalde constitucional de Barcelona. El 1821 hi ingressà el religiós Raimon Ferrer, autor d’una extensa obra sobre l’ocupació napoleònica (Barcelona cautiva). El 1835 ho feu Andreu Avel·lí Pi i Arimon, autor de Barcelona antigua y moderna. A la mateixa promoció pertanyeren importants representants de la Renaixença literària i intel·lectual: Ramon Martí i d’Eixalà (1836), Joaquim Rubió i Ors (1844) i Manuel Milà i Fontanals (1845); el 1852 hi entraren Esteve Llorens i Barba, Manuel Duran i Bas, Joan Manyé i Flaquer i Marià Aguiló, els quals realitzaren aportacions significatives a la història de la llengua, la literatura i la cultura catalanes. En foren presidents Milà i Fontanals (1861-79), Rubió i Ors (1879-89) i Duran i Bas (1901-07).
Durant els anys de la desamortització i del creixement industrial, l’Acadèmia dugué a terme una tasca de conservació i custòdia del patrimoni cultural, mitjançant la formació d’un museu arqueològic amb un fons constituït per làpides i sarcòfags romans i sepultures gòtiques. Organitzat per Joan Cortada, fou establert a la capella de Santa Àgueda, espai que també fou el lloc de reunió de la corporació durant un cert temps. Mentre encara no estava totalment segur el retorn de la UB, l’Acadèmia establí (1835) càtedres de llengua espanyola, literatura i història; posteriorment, i durant força temps, celebrà les seves sessions al mateix edifici de la UB. Amb un any de diferència, n’entraren a formar part, primer, Antoni de Bofarull i de Brocà (1852) i, després, Víctor Balaguer (1853), autors de dues extenses històries de Catalunya de signe ben diferent: el progressista Balaguer publicà, els anys seixanta, una obra d’explícita interpretació política i empenta literària; en canvi, Bofarull escriví, els anys de la Restauració, una història positivista àmpliament deutora dels Anales de Feliu de la Penya.
Progressivament s’hi anaren incorporant erudits i historiadors d’explícita ideologia nacionalista: Manuel Angelon (1863), autor de l’expressió “Corpus de Sang”; el clergue mataroní Mateu Bruguera (1871), autor de la primera gran història sobre el setge de Barcelona del 1713, i, entre el 1876 i el 1879, Antoni Aulèstia i Pijoan, Josep Coroleu, Josep Pella i Forgas, i Josep Balari i Jovany. L’arxiver municipal Josep Puiggarí (acadèmic el 1861) edità el Llibre de les coses assenyalades (1879). El 1868 es reprengué la publicació de les Memorias de la RABLB, amb un segon volum, que incloïa el que restava de l’obra del marquès de Llo; tres volums més es publicaren abans de la fi de segle. Contenien sobretot notícies d’inscripcions, troballes arqueològiques (com les ruïnes d’Olèrdola per Milà i Fontanals) i documents, però també articles d’investigació. Des del 1872 es començaren a imprimir els discursos de recepció dels nous acadèmics, i, a proposta de Francesc Carreras i Candi (1901), membre des del 1898, s’inicià la publicació del Boletín de la RABLB, de caràcter bianual; les memòries, progressivament, s’han anat convertint, des del primer terç del s. XX, en obres monogràfiques.
Un nou tombant historiogràfic vingué marcat, a la darreria del s. XIX, pels ingressos d’Antoni Rubió i Lluch (1889), el jurista Guillem M. de Brocà (1890), el sigil·lògraf Ferran de Sagarra (1890) i Francesc Carreras i Candi (1898). En el primer decenni del s. XX hi entraren Joaquim Miret i Sans (1900), Antoni Elias i de Molins (1903), Francesc Sanpere i Miquel (1906) i el numismàtic Joaquim Botet i Sisó (1908), com també els catedràtics de procedència forana Andrés Giménez Soler (1899) i Eduardo de Hinojosa (1901), tots dos estudiosos de les institucions medievals. En la mateixa línia historiogràfica es contextualitzen els ingressos del menorquí Cosme Parpal i Marquès (1913) i del bibliòfil Ramon Miquel i Planas (1914). Molts dels discursos d’ingrés foren fites importants de la historiografia catalana, són indicatius dels corrents historiogràfics i, de vegades, de la diversitat d’interessos dels seus autors. Així, el treball d’Hinojosa sobre els remences (1901) encara té valor de referència historiogràfica un segle després, com el d’Elias i de Molins (1903), sobre la situació dels estudis d’història i arqueologia a la Catalunya del s. XVIII, amb referències freqüents a treballs dels mateixos acadèmics. Al mateix temps, algunes de les respostes als discursos, per exemple les de Rubió i Lluch, constitueixen veritables monografies, a vegades d’una notable extensió, com L’escola històrica catalana (1913), en resposta al discurs de Parpal sobre Menorca en temps de Felip II, un treball aquest darrer encara molt valorat pels historiadors balears.
Un altre llindar historiogràfic vingué marcat per l’ingrés de Ferran Valls i Taberner (1920), el pare Ignasi Casanovas (1921), Pere Bosch i Gimpera (1922), Antonio de la Torre (1923) i Agustí Duran i Sanpere (1924). Tres dels discursos d’aquests nous acadèmics foren aportacions a la història medieval de Catalunya: el de F. Valls sobre les genealogies de Roda o de Meyà, el d’A. de la Torre sobre els orígens de la Diputació del General de Catalunya i el d’A. Duran sobre el call de Cervera; el del prehistoriador P. Bosch plantejava un Assaig de la reconstitució de l’etnologia a Catalunya (1922) i el d’I. Casanovas tractava sobre l’actualitat de Jaume Balmes. Altres aportacions a la història del pensament foren els discursos de Josep Pin i Soler, al voltant de la figura de Joan Lluís Vives (1914), i el de Tomàs Carreras i Artau, sobre Joaquín Costa (1918). Els anys trenta, dins les celebracions de la constitució de la Unió Acadèmica Catalana, Casanovas pronuncià un important discurs sobre la cultura catalana del s. xviii, que marcà una fita en la interpretació de la història del pensament d’aquella centúria. Altres ingressos significatius foren els del tarragoní Manuel de Montoliu (1927) i el d’Eduard Toda (1930), que en fou president els anys 1931-34. El 1936 Carles de Sanllehy, marquès de Caldes de Montbui, parlà de la pau de Caltabellota, i Joaquim Balcells ho feu sobre Cató el Vell i la concepció democràtica de la història, essent contestat per Bosch i Gimpera. Aquesta recepció fou el darrer acte de l’Acadèmia abans de l’esclat de la guerra civil.
Els dos primers discursos després de la guerra (1941) foren els de Frederic Camp, centrat en la invasió napoleònica, i el del general Lluís Faraudo i de Saint-Germain, sobre la semblança militar de Jaume I, seguits pel de l’arxiver Jesús Ernest Martínez i Ferrando, una síntesi del govern de Renat d’Anjou. El 1943 Josep Maria Millàs i Vallicrosa inicià la línia d’estudis sobre la ciència islàmica medieval, continuada per Joan Vernet i Juli Samsó, acadèmics el 1959 i el 1981, respectivament. Aquell mateix any, Felip Mateu i Llopis feu una àmplia presentació dels historiadors de la Casa d’Àustria a la Corona d’Aragó. El 1944 hi ingressà Martí de Riquer i Morera, la personalitat del qual orientà la vida de l’Acadèmia durant mig segle, especialment com a president (1963-96). Foren significatius també els ingressos de Lluís Pericot (1948) i de Ramon d’Abadal (1949), aquest darrer amb un destacat discurs sobre el significat de l’adopcionisme en el procés de dissolució de l’Església visigòtica. Sota la presidència d’Abadal (1954-61) s’inicià una nova època, durant la qual ingressà Jaume Vicens i Vives (1956), el discurs del qual versà sobre la situació de Catalunya a mitjan s. XV. El següent discurs, de Jordi Rubió i Balaguer, sobre Els Cardona i les lletres (1957), emprà de nou el català. El 1958 ingressà a l’Acadèmia Ferran Soldevila, que tractà del tema de les prosificacions en les quatre grans cròniques, i el 1960 Josep M. Font i Rius parlà de les franquícies urbanes a la Catalunya medieval. Entre els historiadors ja desapareguts cal esmentar Miquel Coll i Alentorn, que presentà (1971) un interessant treball sobre els successors de Vítiza, i Miquel Tarradell i Mateu (1978), que s’ocupà de les ciutats romanes dels Països Catalans. Molts dels discursos recollien l’essència de l’obra de l’acadèmic i assenyalaven les directrius de la recerca històrica: hi és molt present la història medieval i les relacions amb la història de la cultura, en especial també d’època medieval, sense oblidar, però, la prehistòria. Altres ingressos significatius han estat els de Frederic Udina (1969), David Romano (1970), Carlos Seco (1971), Joan Bastardas (1977), Eduard Ripoll (1978) i Agustí Altisent (1978) i, posteriorment, els de Manuel Riu (1983), Eulàlia Duran (1987), Jesús Lalinde (1988), Antoni Pladevall (1994), José Enrique Ruiz-Domènec (1996) i Marc Mayer (1996).
L’Acadèmia ha publicat, en diferents moments, materials sobre la seva història o ha fet balanços de la seva pròpia obra, com ara els erudits treballs publicats en el Butlletí, a la dècada del 1910, per Ernest Moliné i Brasés i, sobretot, pel secretari de la institució, Joaquim Miret i Sans; les biografies dels acadèmics dels primers 150 anys, fetes per Josep Rafel Carreras i Bulbena; els articles publicats (1929) coincidint amb el segon centenari de la constitució de l’anomenada Acadèmia sense nom; les visions de síntesi presentades per diferents acadèmics en el número XXV del Butlletí (1955); el resum de la història de la institució fet per Riquer; el balanç dels estudis històrics dels acadèmics, per Abadal, i les perspectives especialitzades de diferents autors sobre art i arqueologia (Duran i Sanpere), prehistòria (Pericot), història eclesiàstica (Vives), arxivística (Martínez i Ferrando), estudis orientals (Millàs), etc.
L’activitat de la societat es prolonga a través dels seus acadèmics corresponents: Emili Grahit, a Girona; mossèn Segura, a Igualada; Salvador Bové, a Puigcerdà; mossèn Joan Serra i Vilaró, a Solsona; Enric Bayerri, a Tortosa, i més contemporàniament, Santiago Sobrequés i Lluís Batlle, a Girona; Josep Maria Pons i Guri, a Arenys de Mar; Josep Lladonosa, a Lleida; Joaquim Llovet, a Mataró, i Lluís Esteva, a Sant Feliu de Guíxols. Des del s. XIX, hi ha hagut un cert nombre de membres de les Balears (com Josep Maria Quadrado i Àlvar Campaner) i del País Valencià (com Teodor Llorente, Vicent Boix, Josep Sanchis i Sivera, Roc Chabàs, Francesc Almarche i Salvador Carreres). També hi ha hagut catalans residents en altres ciutats de l’Estat espanyol, com Felip Monlau, rector de Granada, i el pare Fidel Fita, acadèmic de la RAH. A més, han estat corresponents historiadors catalans establerts en una etapa de la seva vida fora de Barcelona: Miquel Batllori, a Palma (1942) i, a partir del 1959, a València, Joan Reglà, Miquel Tarradell i Emili Giralt. Pel que fa als corresponents de la resta de l’Estat espanyol, el 1752 alguns acadèmics de la RAH foren acceptats per la RABLB en el moment de l’aprovació dels estatuts, amb reciprocitat. Al s. XIX destaquen José Amador de los Ríos, Antonio Ferrer del Río i Modesto Lafuente, i al primer terç del s. XX, Rafael Altamira, Eduardo Ibarra Rodríguez, Benito Sánchez Alonso i Ricardo del Arco Garay, a més d’un cert nombre d’acadèmics de la història, com el marquès de Laurencín, el comte de Cedillo i Ángel González Palencia. Després de la guerra civil, entre el 1940 i el 1943, foren nomenats acadèmics corresponents Cayetano Alcázar, Jesús Pabón, Alfonso García Gallo, Luis Suárez Fernández, José M. Lacarra i Manuel Ballesteros Gaibrois, i posteriorment, Julio Caro Baroja (1946), José Antonio Maravall (1955) i Ramon Carande (1961).
Els corresponents de fora de l’Estat espanyol marquen també unes tendències. Els primers foren nomenats al s. XVIII a Perpinyà; al s. XIX n’hi hagué de residents a Itàlia, França i Alemanya. Entre els francesos, cal esmentar Frederic Mistral i altres provençals, medievalistes com Charles Tourtolon i Josep Calmette i els hispanistes Georges Desdevises du Dézert, Pierre Fouché Delbosc i Alfred Morel-Fatio; més recents són Marcel Bataillon, Pierre Vilar, Marcel Durliat, Philippe Wolff i Georges Duby. Entre els alemanys sobresurten Emil Hübner, Heinrich Finke i Adolf Schulten. Pel que fa als anglosaxons, iniciats per l’explorador Henry Stanley, que visità Barcelona, hi ha historiadors de la literatura i de la cultura (Robert B. Tate), juntament amb historiadors en sentit ampli (John H. Elliott). Entre els italians destaquen Arturo Farinelli, Alberto Boscolo, Antonio Era, Francesco Giunta, Mario del Treppo, Romuoldo Giuffrida –historiadors radicats en els antics regnes insular o peninsular de la Corona d’Aragó–. L’interès per l’expansió catalana a la Mediterrània oriental portà a elegir els historiadors romanesos Nicolae Iorga i Constantin Marinescu. També es nomenaren membres corresponents entre els catalans residents a Amèrica: al s. XIX, Felip Senillosa, a l’Argentina, i, a partir del 1937, Pere Grases, a Caracas. També s’ha atorgat la condició de corresponent a catalans que resideixen de manera permanent en ciutats europees, com Germà Colom i Núria Sales.