Realitzà estudis comercials a la Universitat de Deusto, i amplià coneixements a les universitats de Berlín i Frankfurt, i a l’Institut d’Economia Mundial de Kiel. Director del Servei d’Estudis Econòmics de la Companyia Hispano-Americana d’Electricitat (CHADE) entre el 1927 i el 1929, fou el primer director del Centre d’Estudis Econòmics de València (des del 1929) i membre del consell de redacció d’Economia i Finances.
Com a historiador, elaborà una aplicació del model de J.H. von Thünen a la història economicodemogràfica de la Península Ibèrica. La base d’aquesta aplicació fou el seu coneixement empíric de les economies de Catalunya i València, combinada amb una recerca comparada sobre algunes talassocràcies europees. El 1932 definí el model dual de “País Valencià-Català”. Aquest model, resultat d’una història secular, es basava en l’existència en dos espais: l’espai del Grup econòmic català (Barcelona i el hinterland del seu port), que és un grup industrial que té com a mercat l’espai definit per les fronteres aranzelàries de l’Estat espanyol, i l’espai del Grup econòmic valencià-català (València, i «les regions catalanes d’economia amb característiques valencianes com ara Girona, Lleida i, especialment, Tarragona»), un grup d’agricultura intensiva amb mercats internacionals. La conclusió de Perpiñà era la següent: «Si València (i Girona-Lleida-Tarragona) no exporta, Catalunya (el hinterland de Barcelona) no treballarà. Com que Catalunya (Barcelona) treballa per al conjunt d’Espanya, les orientacions econòmiques que es prenguin per a aquesta llenca mediterrània de l’antiga confederació catalanoaragonesa han d’ésser determinants per a l’economia de la Península.» Desenvolupà aquesta teoria en la seva obra L’interès col·lectiu a Catalunya i a València (1932), de la qual s’han fet diverses edicions. Les més accessibles són a la revista Arguments (1975); a les edicions del Centre de Lectura de Reus (1983, ambdues presentades per Ernest Lluch); a J. Palafox (cur.): De economia crítica (1930-1936) (1982), i a A. Almendros: D’economia catalana i mundial. Textos en català, 1926-1986 (1989). El 1932, Perpiñà havia descobert que «el comerç exterior dels ports de Catalunya i de València representava més del 50% de tot el comerç exterior de la Península». Així, podia afirmar que «avui, el benestar de la població espanyola està solament, gairebé, a la perifèria. I, d’aquesta perifèria, la que reuneix més avantatges és la llenca mediterrània del País Valencià-Català». Aquesta llenca havia de constituir una unió regional europea.
Entre el 1932 i el 1935, Perpiñà generalitzà el model valencià-català al conjunt de l’Estat espanyol. L’any 1935 publicà en alemany la seva principal obra, on invertí el model territorial de J.H. von Thünen; fou editada en castellà, De economía hispana (1936), i reeditada, De estructura económica y economía hispana (1952). Des del 1935 redefiní el model en Corologia. Teoría estructural y estructurante de la población de España (1900-1950) (1954), i en De economía hispana, infraestructura, historia (1972).
El 1943 publicà “Ante nuestra historia económica”, pròleg a la Historia de la economía española (1943-45, 5 vol.) de Jaume Carrera i Pujal. És un assaig sintètic, però ple de detalls rellevants, on explica la no-industrialització de la “gran Castella” i de la “zona econòmica Sevilla-Cadis”, i el caràcter de la confederació de la Corona d’Aragó.
El 1963 publicà Madrid, dasicora por gracia y razón, un dels pocs estudis d’història econòmica de la regió de Madrid, absurdament desconegut pels escassos historiadors de la regió, on s’apunten «les causes de la maduració industrial madrilenya».
El 1965, amb Reflexión sobre origen y ocaso de las talasocracias en Grecia, Venecia e Inglaterra, amplià el seu tema del 1932: el del paper de les economies marítimes obertes al comerç mundial.