El 1942 es formà una comissió gestora, integrada per Ramon Aramon, Pere Bohigas i Miquel Coll i Alentorn, i s’iniciaren les activitats amb una conferència. Durant els anys següents continuaren les activitats amb la intervenció de membres de l’IEC i de joves investigadors fins que el 1946 la Societat fou aprovada per l’IEC i se celebrà l’assemblea constituent. R. Aramon en fou elegit president i M. Coll, secretari general. S’organitzà en tres seccions: Història, Llengua i Literatura, i Art i Arqueologia, cadascuna amb un vicepresident (Ferran Soldevila, Pere Bohigas i Josep de C. Serra i Ràfols). Hi constaren com a membres honoraris Pere Bosch i Gimpera, Lluís Nicolau i d’Olwer, tots dos exiliats, i Carles Riba.
Durant els anys cinquanta publicà tres números del seu Butlletí (vg. Butlletí de la Societat Catalana d’Estudis Històrics); tot i això, el volum dels números 3-4 no aparegué fins el 1963. La crònica de les activitats acadèmiques i els articles foren una bona mostra de la situació historiogràfica del moment i de l’àmplia perspectiva adoptada per la institució, que no es limità a la història en sentit estricte, sinó que s’obrí a la literatura i a l’art. A la secció “Crònica” Aramon expressà l’esperança de mantenir bones relacions amb els historiadors de la resta de l’Estat, sobretot a través de l’Asociación Española de Ciencias Históricas, l’organisme de participació estatal en el Comitè Internacional de Ciències Històriques. De fet, l’IEC fou el primer participant estatal en el Comitè i disposava d’una vicepresidència permanent dins el comitè espanyol, que canvià la seva denominació per Asociación després del 1939.
En el primer volum del Butlletí hi escriviren Josep Puig i Cadafalch, els germans Josep de Calasanç i Elies Serra i Ràfols, Ramon d’Abadal, Jaume Vicens i Vives i dos vocals de la junta: Romà Gubern i Fèlix Duran i Cañameras. En les sessions científiques del curs 1950-51 hi intervingueren historiadors com M. Coll, Eufemià Fort i Cogul i Josep Maria Pons i Guri, joves investigadors i professors universitaris (Josep Romeu i Emili Giralt), i literats i estudiosos de la literatura (Josep Vicenç Foix, Francesc de B. Moll i Josep Maria de Casacuberta), al costat de personatges més veterans (Josep Gudiol i Agustí Duran i Sanpere).
En el segon volum, corresponent a les sessions científiques dels cursos 1953-55, s’amplià el nombre de participants amb estudiosos de la literatura com Jordi Rubió, Joan Triadú, Osvald Cardona, Joan Coromines i Josep Miracle. En la secció “Crònica”, Miquel Dolç comentà la nova traducció de l’Odissea de Carles Riba. Entre els historiadors que hi participaren cal esmentar: Joan Reglà, Jordi Nadal, Josep Maria Font i Rius, Manuel Riu i Miquel Tarradell. Hi figuraven també articles de Maurici Serrahima, Joan Mercader i de l’historiador mataroní Joaquim Llovet i Verdura. Mercader hi presentà la tasca del Seminari d’Història de la Universitat de Barcelona impulsat per Vicens i Vives, on participaven molts dels historiadors esmentats. També es donà notícia de l’aparició de la revista Estudios de Historia Moderna, dirigida pel mateix Vicens i Vives. Mercader pronuncià la lliçó inaugural del curs 1952-53, en el qual participaren, a més de Miquel Batllori, historiadors i estudiosos de fora del Principat, especialment medievalistes: el francès Marcel Durliat, el romanès Constantin Marinescu, el sard Antonio Era i l’historiador de la llengua castellana Rafael Lapesa. Cal destacar la intervenció de John H. Elliott, que donà notícia de les seves investigacions sobre la Catalunya del segle XVII.
Després d’aquests inicis renovadors, la Societat entrà en un període d’esllanguiment i el Butlletí desaparegué. Tanmateix, en 1969-72 publicà, en forma de revista, els Estudis d’Història Medieval, sis volums en homenatge a Ferran Soldevila (mort el 1971). Aramon continuà com a president fins el 1982, amb Josep M. Salrach com a secretari en l’última etapa. Un cop renovat l’IEC (1976) i amb Emili Giralt com a president (1987), la Societat inicià (1985) una nova etapa amb la formació d’una comissió gestora integrada majoritàriament per historiadors joves. S’hi inscriviren nous socis i es renovaren les activitats, amb una perspectiva històrica àmplia (dret, economia, ciència), però sense abraçar la història de la literatura. A partir de la reorganització de la Societat, n’han estat presidents J.M. Salrach (1987-89), Montserrat Duran i Pujol (1989-91), Santiago Riera i Tuèbols (1991-92) i Gaspar Feliu Monfort (des del 1992). La junta es compon d’onze persones, entre les quals, a més del president, hi ha un vicepresident, un secretari i un tresorer. La junta es renova parcialment cada any, per votació de l’assembla general i, després, se sol impartir una conferència. L’IEC hi ha tingut com a delegats Manuel Mundó i Albert Balcells.
A partir del curs 1985-86, la Societat organitzà cicles de conferències i taules rodones. Posteriorment participà en activitats dutes a terme per altres institucions, com el Col·loqui Internacional sobre sant Pere Orsèol, un dux venecià que fou monjo a Catalunya al segle X (1988). També comptà amb la col·laboració de l’Institut Francès i l’Institut Italià de Cultura. Els temes més tractats han estat: la crisi del feudalisme, la problemàtica del camp català a la fi de l’Edat Mitjana (amb la participació de Paul H. Freedman), feudalisme i frontera al País Valencià (amb intervenció de Paulino Iradiel). El centenari de la Revolució Francesa fou commemorat amb un cicle de conferències on participaren François Furet i Michel Vovelle. També s’organitzaren seminaris sobre el paper de l’exèrcit i les forces policials en la construcció de l’estat liberal (1987), la relació entre poder polític central i local a l’Edat Contemporània, amb una comparació entre Catalunya i Itàlia (1988), amb la participació de Borja de Riquer, Pere Gabriel i Conxita Mir; sobre l’Amèrica colonial (1990), de Manfred Kossok, i el primer franquisme a Catalunya (1990). Posteriorment s’ha anat ampliant el ventall de temes d’estudi i comentari de llibres.
La Societat tingué interès a mantenir una línia de publicacions. Els anys 1990-92 es publicà un butlletí informatiu per als socis que donà compte de les activitats de l’entitat: conferències, taules rodones, etc. També s’arribà a un acord amb les editorials L’Avenç i Còrsia per publicar, en forma de llibre, els resultats dels seminaris, sobretot els impartits pels historiadors estrangers convidats. El primer volum recollí la intervenció de Guy Bois sobre la crisi del feudalisme a la fi de l’Edat Mitjana; el segon, de Rodney Hilton sobre les ciutats medievals; el tercer, les diferents interpretacions de la Revolució Francesa, i el quart, la conferència de James K. Thompson sobre la indústria d’indianes del segle XVIII en comparació amb la industrialització escocesa. Alguns d’aquests llibres foren presentats públicament i d’altres donaren lloc a noves taules rodones sobre el tema, amb participació d’altres historiadors.
Després d’una llarga preparació, el 1994 es reinicià la publicació del Butlletí, amb la voluntat explícita de continuar la numeració anterior. Des d’aleshores ha aparegut amb periodicitat anual, amb una tirada de 350 exemplars. S’hi publiquen les lliçons inaugurals de cada curs (Torras, 1992; Carles Sudrià, 1993; Eva Serra, 1994; J.M. Salrach, 1995; Ernest Lluch, 1999; Mercè Renom, 2000), articles originals d’investigació, i alguns d’historiadors difunts (F. Soldevila i Josep Iglésies), a més de les notícies d’altres activitats de la institució. El 1994 es commemorà el centenari del naixement de F. Soldevila amb una conferència d’Eva Serra i se celebrà una taula rodona amb motiu del 30è aniversari de la traducció al català del primer volum de Catalunya dins l’Espanya moderna (1964), de Pierre Vilar, amb deu intervencions que valoren l’obra des de diferents perspectives. Altres taules rodones han tingut per objecte el comentari de la Història de Barcelona dirigida per Jaume Sobrequés (1993) o la situació del català com a llengua científica (1998). La Societat ha establert convenis amb altres institucions, com el Consell Comarcal de la Noguera per a la celebració dels cursos de la càtedra Comtes d’Urgell que tenen lloc cada estiu, i la Coordinadora de Centres d’Estudis de Parla Catalana. El Butlletí també inclou la memòria d’activitats, presentació, recensió i notícia de llibres i de tesis doctorals llegides a les universitats catalanes. L’any 2000 se’n publicà el número XI.