El reconeixement de l’autonomia universitària a l’Estat espanyol no fou una realitat fins al decret de 15 de setembre de 1931 promulgat per Marcel·lí Domingo, ministre d’Instrucció Pública de la Segona República, perquè un primer intent d’aplicar-la, el 1919, no reeixí. Inicialment, l’autonomia completa només afectà les facultats de Filosofia i Lletres de Barcelona i de Madrid, ja que el règim autonòmic per a la resta de facultats i de centres universitaris no s’aprovà fins el 1933. Aquest fet determinà que la universitat barcelonina fos un dels centres més afavorits per la renovació, i de bon principi s’hi incorporà el bo i millor de la jove intel·lectualitat del moment, formada sobretot a l’Institut d’Estudis Catalans i als Estudis Universitaris Catalans (fou el cas de Ferran Soldevila, Lluís Nicolau i d’Olwer i Jordi Rubió i Balaguer), cosa que comportà una catalanització efectiva que anava estretament lligada a una remodelació pedagògica i organitzativa, ja definides en el II Congrés Universitari Català del 1918. El capdavanter del procés renovador fou Pere Bosch i Gimpera (primer en la seva qualitat de degà de Lletres i, posteriorment com a rector), que deixà un interessant testimoni escrit de la seva experiència. Els avatars polítics dels anys trenta no interromperen la continuïtat de l’experiència, que fou tallada violentament arran del triomf franquista. En els difícils moments de la Guerra Civil Espanyola s’arribà a organitzar el Seminari d’Història de Catalunya, promogut per Jaume Vicens i Vives i Enric Bagué, i presidit per F. Soldevila. Malgrat la mobilització dels seus elements més joves, aquest seminari aconseguí publicar la tesi doctoral de Vicens i Vives, Ferran II i la ciutat de Barcelona, 1479-1516, i abordar una ambiciosa història de la mateixa Universitat de Barcelona, de la qual només s’arribà a redactar la part assumida per F. Soldevila, Barcelona sense universitat i la restauració de la Universitat de Barcelona 1714-1837, amb data de publicació del 1938, però no distribuïda fins els anys cinquanta.
Amb el mateix nom d’Universitat es creà l’any 1968 una institució d’ensenyament superior a Bellaterra, al municipi de Cerdanyola del Vallès. L’any 1968, també se’n creà el Departament d’Història, constituït a partir d’un nucli inicial format pel medievalista Frederic Udina i Martorell –també degà de la Facultat de Filosofia i Lletres–, pel prehistoriador Eduard Ripoll i Perelló –llavors director del Museu Arqueològic de Barcelona– i per un grup d’historiadors especialitzats en història contemporània (Josep Fontana, Josep Termes, Antoni Jutglar, Miquel Izard, Borja de Riquer i Albert Balcells), bona part dels quals eren deixebles directes o indirectes de Jaume Vicens i Vives que havien estat expulsats de la UB el 1966. Aquest nucli inicial s’engrandí amb la ràpida incorporació de professors dedicats a la història econòmica (Jordi Nadal, Jaume Torras, Jordi Maluquer, Ramon Garrabou) i per la tornada a Barcelona, procedent de València, del professor Joan Reglà. Sota la direcció successiva de Josep Fontana, Josep Termes, Joaquim Nadal, Francesc Bonamusa i Borja de Riquer, el Departament cresqué considerablement fins a tenir mig centenar de professors, per la qual cosa el 1985 es dividí en dos: el Departament d’Història Moderna i Contemporània i el Departament de Societats Precapitalistes que englobava les àrees de prehistòria, antropologia social, arqueologia, història antiga i història medieval. Posteriorment, l’any 1996, el Departament de Societats Precapitalistes es dividí, al seu torn, en el Departament d’Antropologia Social i Prehistòria i en el Departament de Ciències de l’Antiguitat i de l’Edat Mitjana. L’any 2001 aquests tres departaments tenien una plantilla de més de 100 professors, que desenvolupen múltiples línies de recerca i ofereixen una docència caracteritzada per la gran quantitat d’assignatures optatives dels seus plans d’estudis. D’entre el professorat cal esmentar Vicente Llull, Miquel Molist i Jordi Estévez, en l’especialitat de prehistòria; Ramon Valdés, Verena Stolke, Teresa Sanromán i Aurora Echeverria, en antropologia social; Joan Guitart i Isabel Rodà, en arqueologia; Alberto Prieto, en història antiga; Miquel Barceló i J.E. Ruiz Domènec, en història medieval; R. García Cárcel i Antoni Simon, en història moderna; Irene Castells, Lluís Roura, Antoni Moliner i Esteban Canales, en l’estudi de la crisi de l’Antic Règim; Albert Balcells, Jaume Sobrequés, Borja de Riquer, Enric Ucelay, Joan B. Culla i Josep M. Solé i Sabaté, en la història de la Catalunya contemporània; Francesc Bonamusa, Pere Gabriel i José Luis Martín, en la història dels moviments socials, i Pere Ysàs, Carme Molinero i Francesc Vilanova, en l’estudi de l’època franquista. Hi són vinculats als departaments l’Institut Universitari d’Estudis Medievals, dirigit per J.E. Ruiz Domènec, el Servei de Documentació d’Història Local de Catalunya, dirigit per Borja de Riquer, el Grup de Recerca sobre l’Èpòca Franquista (GREF) i les revistes Treballs d’Arqueologia, Medievalia i Manuscrits. Revista d’Història Moderna.