Situada dins l’antic terme del castell de Fàbregues, després de la desmembració d’aquest, quedà dins el de Rupit. Fou sempre una capella rural dependent de la parròquia de Sant Joan de Fàbregues i, a partir de l’any 1878, de la de Sant Miquel de Rupit. De la història d’aquesta església no se’n té notícies anteriors a l’any 1660, i l’edifici concorda amb aquesta data, però l’existència de dues imatges de marbre del segle XV de santa Magdalena i de la Mare de Déu de la Gràcia fan pensar en una antiga construcció anterior a la documentada el segle XVII.