Situada dins l’antic terme del castell de Lluçà, del qual s’independitzà molt aviat, de sempre fou una parròquia independent. Segurament fou fundada pels comtes de Barcelona. L’any 962 la comtessa Riquilda en el seu testament la llegà a la seu de Vic, però els comtes de Barcelona la varen retenir fins a l’any 993, en què passà definitivament al domini dels bisbes de Vic, per una permuta que els feu el noble Sendred de Gurb. Aquest poc abans l’havia comprada als comtes de Barcelona. Els bisbes esdevingueren senyors alodials del terme de Sant Boi i hagueren de sostenir diversos plets amb els senyors del castell de Lluçà, que pretenien que es trobava dintre els termes i el domini del seu castell. El terme i l’església apareixen esmentats l’any 905 en l’acta de consagració de l’església de Santa Maria de Lluçà com a límit del terme parroquial de Lluçà. L’any 993 ja consta que l’església de Sant Boi exercia funcions parroquials, les quals ha mantingut fins a l’actualitat. L’increment de la població durant el segle XVIII motivà que vers l’any 1763 s’iniciessin les obres de construcció d’un nou temple, que s’acabà l’any 1775, fent desaparèixer tot rastre de l’edifici antic.