Una de les primeres referències documentals on apareix esmentada esglesiola de Santa Margarida data de l’any 1187, amb motiu de la butlla de confirmació de béns I privilegis que el papa Climent III expedí aquest any a favor del monestir benedictí de Santa Maria d’Amer; en ella s’especifiquen les esglésies que aquest cenobi posseïa, entre les quals se cita l’“Ecclesiam S. Margaritae”. Hom pot suposar, doncs, que fou a partir de l’atorgament d’aquesta butlla que el monestir d’Amer adquirí definitivament la jurisdicció sobre aquesta església. Malauradament ens manquen, ara com ara, dades instrumentals que ens il·lustrin algun aspecte de la història de la capella de Santa Margarida pel que fa a la tretzena centúria. És molt probable, d’altra banda, que els abats d’Amer compartissin alguns drets sobre aquesta església amb els senyors del castell d’Hostoles, car la capella era situada dins el territori que conformava llur jurisdicció senyorial. Una única notícia documental corresponent al segle XIV assabenta que Guillermina Deodata, veïna de la “capelle Sancte Margarite, sita in parrochia Sancti Christophori de Planis vallis Ostolesio”, feu l’any 1341 una escriptura de reconeixement per la qual admetia tenir per l’abat d’Amer Ferrer, dos horts situats prop d’aquesta capella i havia de satisfer anualment en concepte de cens, dos sous i “unam perna de meliorum porcho”. Ja al segle XV hi ha la certesa, per un instrument datat l’any 1439, que Pere Carreras, de la parròquia de Sant Feliu de Pallerols, llegà en el seu testament a la capella “Beate Margarite de Planis”, dotze diners “ad opus opere sive reparationis capelle”. Aquesta referència pot fer pensar en la possibilitat que l’esglesiola hagués estat malmesa a causa dels terratrèmols sobrevinguts a la comarca les primeres dècades d’aquesta centúria. Anys més tard, un altre testament expedit l’any 1486 per Bartomeu Planelles, veí de la parròquia de les Encies, diu que aquest personatge llegà a l’església de “Sancte Margarite, sita in parrochia de Planis”, la quantitat de sis sous. La capella de Santa Margarida, d’indubtable origen romànic, fou feta restaurar —segons indica F. Monsalvatje— per Pere Dusol, fundador de la colònia tèxtil que porta el seu cognom i que és propera a l’església. Tanmateix, en l’actualitat roman totalment en ruïnes.