La notícia més antiga sobre l’església de Sant Martí de Sales apareix a la donació que féu Arnau de Sales de la part dels delmes que li corresponia d’aquesta església a la capella de Santa Maria Magdalena de Montpalau, que ell mateix havia fundat i construït. Tanmateix, aquest document, del qual F. Monsalvatje publicà un resum, planteja problemes de datació; malgrat tot, ha d’ésser anterior al desembre del 1216, moment en què Arnau de Sales ja havia mort. Un segle més tard, concretament el 1324, Ponç de Rocabertí reté homenatge al bisbe de Girona en canvi dels delmes de diferents parròquies, entre les quals hi havia la de Sant Martí de Sales. Fins a mitjan segle XIV, aquesta església fou coneguda amb el nom de Sant Martí de “Cabissono” o “Cabissano”, com apareix esmentada en les Rationes decimarum de la diòcesi de Girona dels anys 1279 i 1280, respectivament. Tanmateix, el 1362, el Llibre verd del capítol gironí la cita com a “Sancti Martini de Cabissono sive de Sales”, doble topònim que es manté als Sinodials de la diòcesi de Girona de 1691, bé que lleugerament modificat: “Sancti Martini de Cabisso de Salis”. Durant el transcurs de l’època moderna, acabà imposant-se el segon topònim al primer, i restà fixat el nom de Sant Martí de Sales, que ha arribat als nostres dies. Del primitiu edifici romànic de Sant Martí no n’ha arribat res. L’actual, reformat diverses vegades, té una façana barroca; fou bastit entre el final del segle XVII i el començament del XVIII.