Malgrat que l’any 979, en el testament de Miró Bonfill, comte de Besalú i bisbe de Girona, apareix la “valle que dicunt lemena”, la constatació més antiga de l’existència de “Sancti Stephani de Lemana”, la proporciona l’evacuació que van fer Guillem Ademar, la seva muller i el seu fill de les dominicatures i altres drets que tenien en aquesta església a favor de la mitra gironina, el 1156. Tanmateix, és a partir del començament del segle XIV, després de més d’un segle i mig sense cap dada, que apareixen una sèrie de documents, més o menys continuats, que permeten de reconstruir una part de la història de Sant Esteve de Llémena, entre els segles XIV i XVI. L’any 1319, el senyor del castell de Falgons, Galceran de Cartellà, prestà homenatge al bisbe de Girona pels delmes de les parròquies de Santa Maria de Granollers, Sant Pere de Llorà i Sant Esteve de Llémena, i també per les possessions que tenia a Sant Miquel de Campmajor. Com les parròquies de Santa Maria de Finestres, Sant Aniol de Finestres, Santa Maria de Santa Pau i Sant Andreu de Sobre-roca i el veïnat de les Medes, la parròquia de Sant Esteve de Llémena formà part del terme del castell de Finestres, fet que queda constatat des del 1323, però que amb tota seguretat devia ésser bastant anterior. L’any 1364, la reina Elionor de Catalunya-Aragó vengué al baró Hug de Santa Pau tots els drets senyorials que la corona tenia als castells de Finestres, Santa Pau i Sant Aniol. Un any després, el 1365, el mateix monarca, Pere III el Cerimoniós, confirmava la venda que havia fet la seva dona, tot i que n’exceptuava les parròquies de Sant Aniol de Finestres, Sant Andreu de Sobre-roca, Sant Esteve de Llémena i el veïnat de les Medes, la jurisdicció dels quals havia venut a la ciutat de Girona. Tanmateix, aquell mateix any, el rei reconegué al baró de Santa Pau que els habitants d’aquests indrets li havien de donar serveis “d’hoste et cavalcata”, en pau i en guerra. El 1400, s’establí una concòrdia entre els procuradors del rei Martí I de Catalunya-Aragó, el bisbe de Girona, el capítol d’aquesta Seu i els jurats de la ciutat de Girona sobre les redempcions de les jurisdiccions reials, acordant-se “com se han de quitar los llochs venuts e empenyorats y ab ells entre altres anomenats … Sant Esteve de Sallemana”. Els privilegis i remissions atorgats per la família d’Oms, barons de Santa Pau des del segle XV, als habitants de la parròquia de Llémena, entre d’altres, demostren que aquesta va continuar pertanyent a la baronia de Santa Pau durant una bona part de l’època moderna.