La problemàtica de la manca absoluta de dades sobre la història de l’església de Sant Joan de les Medes, que hom exposa en parlar de la veïna església de Sant Julià de les Medes, es veu aquí agreujada pel fet que no resta cap vestigi de la primitiva església romànica de Sant Joan. Com en el cas de l’esmentada església de Sant Julià, ens hem de conformar amb les notícies referides al veïnat de les Medes, el qual formava part del terme del castell de Finestres, com queda documentat el 1323. La venda al baró de Santa Pau, Hug, dels drets que la corona tenia als castells de Finestres, Sant Aniol i Santa Pau, feta per la reina Elionor, l’any 1364, i reconeguda per Pere III de Catalunya-Aragó, el mes d’octubre de l’any següent, vinculà el veïnat de les Medes a la baronia de Santa Pau, fet que es mantingué la resta de l’edat mitjana i durant l’època moderna, com demostren la remissió atorgada per Antoni d’Oms i el privilegi concedit per Berenguer d’Oms, tots dos barons de Santa Pau, als habitants d’aquest veïnat, els anys 1558 i 1603, respectivament.