L’església de Santa Coloma apareix citada per primer cop en un document de Carles el Simple de l’any 898. Pocs anys després, vers el 926, fou destruïda per una acció de tribus hongareses, que havien envaït les comarques gironines travessant els Pirineus.
De l’any 950 data la nova consagració de l’església a càrrec del bisbe Gotmar de Girona, després de la restauració empresa per Ènnec i el seu fill Giscafred. En l’acta de consagració, que ens ha arribat gràcies a una còpia del segle XII realitzada pels monjos de Sant Pere Cercada, el bisbe Gotmar concedí a l’església els delmes, primícies i oblacions de la vila de Santa Coloma de Farners, com també l’església de Sant Andreu de Castanyet, amb tots els seus límits i pertinences. L’any 1198, el sant pare Innocenci III donà l’església de Santa Coloma —juntament amb d’altres— a la canònica augustiniana de Sant Pere Cercada, de la qual en depengué eclesiàsticament fins al 1836.
L’església presidí el reduït nucli urbà fins al segle XV; el 1291 hi fou batejat el que més endavant seria sant Dalmau-Moner. A mesura que el poble anava creixent el temple anava quedant inadequat. Calgué edificar una nova església d’estil gòtic que utilitzà materials de l’antiga i també dels castells de Bellver i del Sant Esperit.