Aquesta antiga església parroquial, situada a l’esquerra del riu Brugent, sota el puig d’Alí, consta entre l’antiga documentació del monestir d’Amer des del 1208. La documentació posterior, com els nomenclàtors de la diòcesi de Girona, l’anomena invariablement “Sancti Clementis de Amerio”. L’edifici actual sembla refet al segle XVII i té un campanar de torre quadrat.