L’antiga parròquia de Sant Pere, que fou l’església del castell d’Altés, apareix documentada a la segona meitat del segle XI en una carta de donació datada el 1062 per la qual els marmessors de Berenguer cediren a Santa Maria de la Seu una vinya i un molí situats dins el terme de Sancti Petri de Autes, per voluntat expressa del difunt. La parròquia d’Altés també és citada en l’acta de consagració de la catedral d’Urgell.
A la segona dècada del segle XII hi ha notícia per una escriptura del 1118 que Arnau Guitart i la seva esposa Caritat, feren donació a la canònica de Santa Maria de Solsona de l’ecclesiam Sancti Petri de castro Azautes, amb totes les altres esglésies del terme ja construïdes i les que en el futur es poguessin edificar, amb la condició que els clergues que la regissin havien de ser nomenats pels canonges amb l’aprovació d’Arnau i dels parroquians. Anys més tard, el 1172, Arnau d’Altés tornà a fer donació de la mateixa església al monestir de Solsona, juntament amb els delmes, les primícies i les oblacions dels fidels. Cal dir que la propietat d’aquest temple per part de Santa Maria de Solsona és constatada per diverses notícies documentals de la segona meitat del segle XII (1150, 1163, 1180, 1188).
A la darreria del segle XIII, a les relacions de la dècima de la diòcesi d’Urgell del 1280 consta la contribució del capellà Daltes, com també hi figura en la col·lecta del mateix impost efectuada l’any 1391 en aquesta diòcesi.
El lloc d’Altés pervingué als Josa a la segona meitat del segle XIII, dels quals encara consta el domini al segle XVIII; amb posterioritat, Altés figura el 1831 com a senyoria de Mercader i Sadurní.
L’església actual, formada per una nau força elevada i tres altars fou edificada el 1828. Hi ha ruïnes de l’antiga església romànica.