Aquesta església, avui desapareguda, fou el temple de l’hospital bastit al coll de la Perxa, al límit entre la Cerdanya i el Conflent. El pelegrí o el viatger de l’edat mitjana que, pel Conflent, pujava a la Cerdanya, trobava al peu del camí, al final de la penosa ascensió, l’hospital de Santa Maria de la Perxa. El coll de la Perxa, que als documents llatins pren el nom de portus de Pertica (el port de la Perxa), era d’accés difícil durant l’hivern. El nom li venia de les perxes plantades al sòl i que eren destinades a guiar el viatger sobre la neu. S’hi arribava per la strata confíentana (el camí del Conflent que ja existia a l’època romana). Partint d’Elna, la ruta pujava per la vall de la Tet fins a la Cassanya, on es passava un pont anomenat “inferior”. Prenia després la vall de Jardó, sota el castell d’Ovança. Després, per Caselles, l’antic nom de la Cabanassa, guanyava el coll de la Perxa. Aquesta part del camí al segle X era anomenada la strata francisca inferior, és a dir, el camí públic inferior. A partir d’aquí, el camí es dirigia cap a la vall d’Eina i el Coll Rigat i prenia el nom de strata cerdana. Una bifurcació vers Bolquera, els Angles i l’antic comtat de Rasès era anomenada strata francisca superior ( camí públic superior) o via raedana (camí de Rasès). És l’actual camí anomenat dels Capcinesos.
No sabem res de cert sobre l’origen d’aquesta casa de caritat del coll de la Perxa. És possible, sense que es pugui afirmar amb certesa, que la fundació de l’hospital de la Perxa fos obra del comte Sunifred II de Cerdanya. Aquest comte feu donació al monestir de Santa Maria d’Arles, al novembre del 965, d’un patrimoni seu situat en els termes de Sant Pere dels Forcats i de Bolquera, excloent-ne el que l’abadia de Cuixà hi posseïa. Sembla que fou en aquesta propietat donada per Sunifred II on s’aixecà l’hospital. Per aquest motiu, anys més tard l’hospital de la Perxa depengué d’Arles.
L’hospital o casa de la Perxa (domus hospitalis de Pertica) comprenia una església dedicada a santa Maria i una casa de socors o hospital pròpiament dit. L’església era subjecta a l’abadia de Cuixà, com es desprèn del primer document on apareix esmentada. El 1174 Asbert, abat de Cuixà, concedí l’església a un tal Ferrer, sacerdot, cosa que no ha d’estranyar, perquè la Perxa era situada en el terme de la parròquia de Sant Pere dels Forcats, possessió de Sant Miquel de Cuixà. L’hospital, en canvi, era regit per un religiós, el qual, amb el títol de preceptor o rector, tenia sota les seves ordres alguns germans o donats i un cert nombre de gent de servei. Les rendes de la casa consistien principalment en ramats que hivernaven al Rosselló; nombroses donacions o deixes completaven aquests recursos. Almenys al començament, mai no s’hi veu el més petit indici d’intervenció dels monjos d’Arles, propietaris feudals del territori on era bastit l’hospital. Tanmateix, els assistents semireligiosos dels antics hospitals del Rosselló van ser suprimits entre el 1420 i el 1430. Llavors els religiosos d’Arles van prendre al seu càrrec el servei de l’hospital de la Perxa i es va crear una dignitat amb el nom de Priorat de la Perxa. És probable que l’església de Sant Maria continués depenent de l’abadia de Cuixà. Els anys 1444, 1538 i 1557 tenim menció dels priors de la Perxa. El 1671, un religiós d’Arles, anomenat Joan Pere Maler, tenia a càrrec el priorat de “Sant Joan de la Perxa” (en aquesta època l’església havia canviat d’advocació). Poc temps després, per un edicte de Lluís XIV, les rendes de tots els petits hospitals del Rosselló van ser adscrits al reial orde de la Mare de Déu del Carmel i de Sant Llàtzer.
De l’antiga església romànica de Santa Maria, de la Perxa no en resta res. El 5 de març de 1807, el comú de la Cabanassa, a instància del bisbe de Perpinyà, demanà al prefecte autorització per a prendre tots els enderrocs de l’antiga església de la Perxa, en ruïnes, per tal de construir una nova església, l’actual parròquia de la Cabanassa.
Hom pot suposar que hi havia a Santa Maria de la Perxa una imatge de Maria, romànica, que ha desaparegut. Sabem només que hom feia a aquesta marededeu freqüents deixes en els testaments dels segles XIII i XIV. A l’església de la Cabanassa es conserva una estàtua provinent de l’església de la Perxa, que data del segle XVII i que es troba sota la invocació de “la Mare de Déu de la Perxa, protectora dels viatgers”.