El monestir de Santa Margarida de Roses, anomenat també de Santa Margarida del Prat de Roses, existia ja al segle XIII i havia estat fundat en una església dedicada a Santa Margarida, la qual és esmentada al segle X, com un dels límits de l’estany de Castelló, en el precepte de Lluís el d’Ultramar, de l’any 953, i en altres documents dels anys 959 i 982. El precepte fa consignar que a llevant l’esmentat estany limita amb “Sancta Margarida vel in ipsa arena”. En les Rationes decimarum de l’any 1279 apareix ja com a “monasterio dominarum Sancte Margarite” i l’any 1280 com a “ecclesie Sancte Margarite”. Hi ha notícies sobre aquest monestir en les actes de les visites pastorals fetes a Santa Maria de Roses dels anys 1315 i 1329 pels bisbes Guillem de Vilamarí i Gastó de Monteada, respectivament. L’any 1362 les monges tenien en feu la meitat del delme del lloc proper de la Garriga. L’any 1368 foren units a aquest convent els de Santa Coloma de Matella i Sant Joan de l’Erm. A cadascun d’ells hi havien quedat molt poques relíquies a causa de la mortaldat que ocasionà la pesta de l’any 1348. L’any 1384 la priora de “Sánete Margante de Prats de Rosis” es deia Francesca i reconegué una pega de terra al cambrer del monestir de Santa Maria. En temps de la priora Boneta, l’any 1394, un veí de Castelló confessà que devia al monestir de “Sancte Margante de Rosis” 40 florins d’or a causa de la venda d’unes terres. L’any 1432 visità “Santa Margarida del Prat o de Rosis” el bisbe Casanova. Sembla que en aquesta època la comunitat era en franca decadència, almenys d’autoritat. L’any 1447, en temps de la visita del bisbe Bernat de Pau, al convent només residien la priora Caterina de Sarrià i una monja. Sembla que fou durant el segle XV que el monestir es fusionà amb el de Sant Daniel de Girona. Des d’aquest moment, una monja de Sant Daniel posseí el títol de Santa Margarida de Roses. Segurament la comunitat de Roses desaparegué amb aquesta annexió. Al segle XVII l’església encara es conservava, puix que el bisbe Josep de Taverner i d’Ardena en la seva obra sobre els comtes d’Empúries deia: “en las vecindades del estanque de Castelló se conserva todavía una capilla de Santa Margarida que antiguamente fué un convento de religiosas benitas, hállase hoy unida con las rentas del Convento de San Daniel de Gerona de la Orden de San Benito”. Actualment no es conserven restes d’aquesta església monestir. El seu emplaçament, però, sí que és conegut amb tota certesa a la plana, vora els antics estanys i no lluny de la mar, 1 km a ponent de la ciutadella i de l’antiga vila de Roses, en un paratge ja força urbanitzat.