L’església ermita de Santa Maria de Codó és actualment coneguda com l’ermita de Santa Magdalena. En els nomenclàtors de la diòcesi del segle XIV apareix com a “capella seu ecclesia heremitana Sancte Marie de çodone in parrochia Sancte Cecilie de Terrades”. L’ermita era ja enrunada a la primera meitat del segle XV, ja que el bisbe Andreu Bertran publicà, l’any 1425, una circular per a la seva reparació, circular que es repetí el 1437 i el 1438, a càrrec de l’aleshores bisbe Bernat de Pau. Per a la construcció d’aquest edifici del segle XV sembla que fou reutilitzat material de l’ermita anterior; la seva estructura és, en una bona part, un exemple de la perduració popular i molt tardana de formes arrelades en la tradició romànica.