Antiga església parroquial que és situada al sud-est del massís de Montnegre, a les Gavarres, uns 2 km a llevant de Santa Pellaia, vora la carretera de la Bisbal d’Empordà a Caçà de la Selva. El lloc de Santa Àgata és esmentat l’any 1044. El cabiscol Ponç, en el testament de l’any 1064, disposà de béns situats a la parròquia de Santa Àgata, i el 1102 Berenguer Amat féu deixes a la canònica gironina, entre les quals hi havia algunes propietats en aquesta parròquia. En les Rationes decimarum apareix esmentada “sancte Agathe de Montenigro” i, semblantment, en les llistes de parròquies del 1362, del final del segle XIV i, encara, del segle XVII. Avui el seu territori és pràcticament deshabitat, i l’església roman abandonada, al costat de la masia que fou casa rectoral. És un petit edifici de caire popular que sembla postmedieval, si bé caldria conèixer-ne els paraments, colgats, per afirmar-ho plenament.