La vall de Núria o de “Annuria” és documentada per primera vegada l’any 1087, quan el comte Guillem Ramon I de Cerdanya la cedí al monestir de Santa Maria de Ripoll a fi que hi pogués fer pasturar els seus ramats. La primitiva església, amb l’hospici o hospital que tenia annex, és documentat per primera vegada l’any 1162, quan el papa Alexandre III li féu una concessió d’indulgències perquè els fidels les poguessin guanyar el dia 8 de setembre, festivitat patronal de la capella. La capella, amb el nom d’hospitium o hospital, rebia donacions dels fidels des del final del segle XIII (1270, 1280, 1281, etc.), moment en el qual ja era viva la devoció a la comarca. Noves concessions d’indulgències de l’any 1338 i posteriors revelen la continuïtat i l’augment del culte. Sembla, per tant, que fou erigit com un lloc d’acolliment de visitants i, sobretot, dels pastors que aprofitaven els pasturatges, ben documentats per noves concessions del segle XII. Podria haver estat el monestir de Ripoll el primer en patrocinar l’erecció de la capella, bé que tot és pura suposició. Les notícies sobre l’estada i la penitència de sant Gil i la descoberta de la imatge, campana i olla pel pelegrí de Dalmàcia, Amadeu, l’any 1072, que hauria donat lloc a la construcció del santuari, són una pura llegenda, sense cap base ni probabilitat. La primera capella a sant Gil no fou bastida fins l’any 1615. La primitiva església, sens dubte romànica, s’aterrà a causa del terratrèmol de l’any 1428 i fou refeta gràcies a un privilegi per a recaptar fons de la reina Maria, de l’any 1449. Des del 1460 en tingueren cura el rector i els parroquians de Queralbs, els quals reedificaren la capella, bé que en aquell moment hom ja no parlava mai d’hospital.