Situada dins l’antic terme del castell de Clarà, al lloc de Moià, entorn seu sorgí la vila de Moià. Des del moment de la seva consagració tingué la categoria de parròquia, que conserva en l’actualitat, i durant uns anys depengué de la canònica de Santa Maria de l’Estany. El lloc de Moià és documentat des del 912, el castell de Clarà des del 916 i l’església és dedicada a Santa Maria i fou consagrada el 939, però ja existia en temps del comte Guifré, ja que aquest li feu una donació d’unes terres que al moment de la consagració es confirmaren. Aquesta església era de fundació comtal, iniciada pel comte Guifré i finida pel comte Sunyer i pel seu fill Ermengol, que es titula comte d’Osona, que són els que pregaren al bisbe Jordi d’Osona que anés a consagrar-la. Els drets dels comtes de Barcelona, com a fundadors i propietaris, foren cedits al monestir de l’Estany; primerament ho feu el 1131 el comte Ramon Berenguer III, que cedí l’església de Moià a l’esmentat monestir, i després, el 1154, el comte Ramon Berenguer IV confirmà i amplià la concessió del seu pare amb atribucions de caràcter civil, amb les quals el comte pretenia crear una vila fortificada a Moià. Aquest domini de l’Estany sobre l’església de Santa Maria de Moià finí el 1260 amb una permuta amb el bisbe de Vic, el qual cedí diverses esglésies dels voltants del monestir. Així, l’església de Moià passà del domini comtal al del monestir de l’Estany, i acabà incorporant-se a l’episcopal. L’actual edifici no conserva res de la construcció primitiva en la qual el 1299 hom decidí de fer obres: derruir i fer nous alguns arcs, construir un cor, un altar a Sant Llorenç i una escala. Al final del segle XIII el temple tenia diversos altars als quals hom feia llegats: el de Santa Maria, el de Sant Joan, el de Sant Miquel i el de Sant Martí.