Aquesta església era dins de l’antic terme del castell de Balsareny, al lloc anomenat l’Alou. No degué passar de capella rural. El lloc i l’església apareixen citats el 1041 com a Sant Joan que diuen Alou; de manera semblant es torna a citar el 1291, com a Sant Joan de l’Alou. No sabem exactament quan es produí el canvi de titular, però el 1685 ja era Santa Margarida. Actualment es troba sense culte i en estat d’abandó, puix que és utilitzada com a paller.